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《洗冤录》著于宋代，是法医史上的惊世巨著，其作者却是一个饱受歧视的棺材遗腹子。在棺材中出生的宋慈被视为灾星，幸得好朋友薛丹的祖母抚养长大，更与丹和查小灿成为好朋友。长大后，慈遭人诬告后被判死刑，却身遭雷殛。送到义庄后却遭看守的马贵救回，相处后，慈更从贵身上学会了验尸。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中，被判死刑，后得到新知县宋翊及熟悉验尸的马贵相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作，两人合作屡破奇案，声名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现，原来假宋翊为求功名，将真宋翊推下山崖冒名顶替，做起了知县;后又攀附权贵，抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻，岂料蓝家早已外强中干，负债累累。 假宋翊感到彩蝶是他的负担，故设计陷害。其险恶面目渐渐表露，但他每次行凶时均非常谨慎，都要彻底毁尸灭迹。宋慈无计可施之际，意外地发现了真宋翊的尸体，经过艰苦地调查取证，在唐思和聂枫的帮助下，最终惩戒了凶手，伸张了正义。
薛丹从贞娘口中得知小娟和王福有不寻常关系，宋慈等人重组案情，怀疑志扬懂武功，可能与蓝家命案有关，便集中调查他们，但他们生活作息稳定无可疑之处。宋慈从虎尸得到启发，将王福的尸身剖开，聂枫更想出方法令志扬落入圈套，形迹败露，当人龙和聂枫全力追捕他至酒家时，发觉所捉到的 面人竟是贞娘。 志扬杀伤关卡的官兵离镇，贞娘知道他成功逃脱非常安慰，聂枫希望从贞娘口中知悉志扬的去向，但贞娘守口如瓶，志扬易容回镇救贞娘，目的是向她取回赎金，令她非常失望，二人反目，志扬最终被杀。贞娘协助寻回赎金，其后得到聂枫等人代为求情，免受牢狱之苦。 七巧节当日唐思悉心打扮，明艳动人得令宋慈也动心，唐思拾回掉在地上的铜钱时，无意中发现女尸。宋慈替女死者杜玉兰验尸，更要薛丹记下所有发现，宋慈发现死者有曾被J污象，而口中则留有浆糊。宋慈送唐思最喜欢的南乳花生给她吃时，宋翊到访告诉唐思以后没空再教她读书，并送她一本书自修，令她非常不开心，宋慈看在眼里。