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《洗冤录》著于宋代,是法医史上的惊世巨著,其作者却是一个饱受歧视的棺材遗腹子。在棺材中出生的宋慈被视为灾星,幸得好朋友薛丹的祖母抚养长大,更与丹和查小灿成为好朋友。长大后,慈遭人诬告后被判死刑,却身遭雷殛。送到义庄后却遭看守的马贵救回,相处后,慈更从贵身上学会了验尸。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中,被判死刑,后得到新知县宋翊及熟悉验尸的马贵相助,沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作,两人合作屡破奇案,声名大噪。唐思因宋翊救命之恩,暗生情愫,但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现,原来假宋翊为求功名,将真宋翊推下山崖冒名顶替,做起了知县;后又攀附权贵,抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻,岂料蓝家早已外强中干,负债累累。 假宋翊感到彩蝶是他的负担,故设计陷害。其险恶面目渐渐表露,但他每次行凶时均非常谨慎,都要彻底毁尸灭迹。宋慈无计可施之际,意外地发现了真宋翊的尸体,经过艰苦地调查取证,在唐思和聂枫的帮助下,最终惩戒了凶手,伸张了正义。
唐思买下白兔作宠物,又怕宋玲不满,宋慈提议将白兔暂时寄养在他的家,等她得到兄嫂同意才领回,当小灿前来提亲时,言词隐晦令宋慈以为他讲白兔的收留问题,一口答应。聂枫调查蓝家一案,发觉下人王福有可疑,正欲进一步调查时,王福家中失火,已被烧死,宋慈发现王福并不是烧死的,便再到王福家调查, 面人亦在现场,正打算杀宋慈时,聂枫亦到福家调查, 面人悻然离开。小灿不堪被鲁花取笑,愤然辞职,却原来正中她下怀。 薛丹见义勇为,帮助酒家老板吓退一群要收保护费的无赖,后更与老板江志扬夫妇熟络起来。彩蝶恃势凌人欺负庙祝一家,打伤小孩又推跌孕妇,还认为钱能解决一切问题,宋翊为教训她,把彩蝶收监。 唐思因宋翊教他读书而对他产生爱意,却被宋慈发现并取笑她。有村民被老虎咬死,大家提高警觉,刚巧志扬出外办事,薛丹见其妻贞娘担心他回家途中的安危,便叫人龙赶到百花林救他,人龙把老虎刺死,成为打虎英雄。宋慈替老虎验尸,竟发现它死于内脏碎裂。