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《洗冤录》著于宋代，是法医史上的惊世巨著，其作者却是一个饱受歧视的棺材遗腹子。在棺材中出生的宋慈被视为灾星，幸得好朋友薛丹的祖母抚养长大，更与丹和查小灿成为好朋友。长大后，慈遭人诬告后被判死刑，却身遭雷殛。送到义庄后却遭看守的马贵救回，相处后，慈更从贵身上学会了验尸。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中，被判死刑，后得到新知县宋翊及熟悉验尸的马贵相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作，两人合作屡破奇案，声名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现，原来假宋翊为求功名，将真宋翊推下山崖冒名顶替，做起了知县;后又攀附权贵，抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻，岂料蓝家早已外强中干，负债累累。 假宋翊感到彩蝶是他的负担，故设计陷害。其险恶面目渐渐表露，但他每次行凶时均非常谨慎，都要彻底毁尸灭迹。宋慈无计可施之际，意外地发现了真宋翊的尸体，经过艰苦地调查取证，在唐思和聂枫的帮助下，最终惩戒了凶手，伸张了正义。
宋慈与唐思在狱中互诉辛酸身世，宋慈同情地说要娶她为妻，好让她在阴间有人照护，唐思心头一暖，与他就地拜堂。大刀快斩下的一刻，村长夫人大叫刀下留人，同意煮村长骸骨，以确定是否中毒，最后宋慈、唐思沉冤得雪。 宋慈的更夫工作丢了，惟有义务帮马贵工作，从中学习验尸。唐思与宋慈互相躲避对方，原来怕对方提起狱中拜堂一事，最后双方协议拜堂一事作废。唐思被Du场打手追债，连本带利共二百多两，唐思无计可施下偷了小灿妻宋玲身上银两，小灿追捕被她逃脱。 马贵有感宋慈对验尸有天分，婉拒宋翊邀请他当仵作后推荐宋慈担任，宋翊一怔。宋慈见工失败，沮丧不已，小灿安慰他。宋诚当上新村长，大派烧肉。宋翊见宋慈垂头经过，即当众宣布他是宋家子孙，可分烧肉及田地，又聘请他当仵作，宋慈感激不已。小灿到唐思家追讨银，发现她身上有一白玉兔，直指她是失散二十年的亲妹查小恩。此时Du场打手追来，唐思将错就错跟小灿回家。宋慈与老仵作进行验尸，老仵作指死者吊颈自杀并无可疑，宋慈不认同。