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《洗冤录》著于宋代，是法医史上的惊世巨著，其作者却是一个饱受歧视的棺材遗腹子。在棺材中出生的宋慈被视为灾星，幸得好朋友薛丹的祖母抚养长大，更与丹和查小灿成为好朋友。长大后，慈遭人诬告后被判死刑，却身遭雷殛。送到义庄后却遭看守的马贵救回，相处后，慈更从贵身上学会了验尸。因分地纠纷而找村长理论的宋慈与劫富济贫的江湖女贼唐思意外地卷入了谋杀村长的案中，被判死刑，后得到新知县宋翊及熟悉验尸的马贵相助，沉冤得雪。宋翊聘宋慈为忤作，两人合作屡破奇案，声名大噪。唐思因宋翊救命之恩，暗生情愫，但宋翊已与聂枫发展感情。这时一名长相与宋翊一模一样的人突然出现，原来假宋翊为求功名，将真宋翊推下山崖冒名顶替，做起了知县;后又攀附权贵，抛弃聂枫而娶富家女蓝彩蝶为妻，岂料蓝家早已外强中干，负债累累。 假宋翊感到彩蝶是他的负担，故设计陷害。其险恶面目渐渐表露，但他每次行凶时均非常谨慎，都要彻底毁尸灭迹。宋慈无计可施之际，意外地发现了真宋翊的尸体，经过艰苦地调查取证，在唐思和聂枫的帮助下，最终惩戒了凶手，伸张了正义。
宋翊买蟹回家，宋诚两夫妇感奇怪，因宋诚对蟹敏感，宋翊即表示蟹是送给聂枫的。薛丹、唐思及小灿均不同意宋慈为彩蝶而辞职，但他一意孤行向宋翊辞职。薛丹等人发现彩蝶说谎，正打算告诉宋慈时，他已当众向蓝涛提亲，彩蝶J计得逞后，诈作不认识宋慈，还当众奚落他。 彩蝶与阿君到树林散步， 面人出现将阿君杀死又把彩蝶掳去，宋翊要宋慈复职替阿君验尸，但抵达凶案现场时，很多环境证据被村民搞乱了，宋翊便立例以后要将凶案现场封锁，以便查案，蓝涛认定宋慈求爱不遂而下毒手，幸得小灿和薛丹力证宋慈一直和他们一起，宋慈才避过嫌疑。 宋慈发现阿君应该是被柴刀劈死，便集中调查樵夫，不单没有发现，且令村民质疑宋翊查案能力。面人勒索蓝家三万，并要丫环小娟负责交赎金。宋慈再仔细验尸又做实验，知道凶手是武功高强的江湖人士。 面人杀了小娟并取得赎金后，正想杀彩蝶灭口，宋翊等人及时到来相救。人龙催促聂枫回郑州并在酒家替她饯行，聂枫有口难言，宋翊请她为捕头，聂枫感激不已。