共40集
《神鹰反恐特战队》讲述这群酷男靓女在和平年代面对一系列最危急的事件时如何取胜的故事,剧组采用“强情节、细感情”的原则,进行了大爱的处理。这里面交织着三段三角恋,既有“战友之爱不能夺,朋友之妻不能欺”的坚守,也有遵守“同在一队的特战队员相爱却不能结婚”的禁令等。武警战士杨灿背负已故父亲遗愿加入特战队,与铁血女教官那敏“针锋相对”,成了特战队另类的“编外兵”。当他旁观一场处突实战后,执意逃跑的杨灿死活留在特战队。在与神枪手赵晓波、侦察尖兵塔西、爆破尖兵老黑、武器小百科马小川、俏丽的心理医生石雨、女汉子教官那敏的朝夕相处中,桀骜不驯的杨灿逐渐定性沉稳。他的智慧和精神打动了战友,并和那敏产生了不一样的情愫。那敏前男友厉剑锋执行完特别任务回到特战队, 重又拨起那敏和闺中密友石雨的心弦。杨灿生父林指山出国多年突然归国,异常“关爱”杨灿母亲--电站工程师杨爱萍。在经历潜伏、反劫机、捣毁暴恐分子巢穴等战斗后,杨灿逐渐成熟。他以林指山亲生儿子的身份潜入敌营,与“死而复生”的战友那敏一起摧毁敌人的阴谋,拉开了特战队与暴恐分子的终极战役……
石雨陪同厉剑峰在疗养院治疗,她是主治医生。
晚上,厉剑锋又感到头痛剧烈、恶心呕吐,还伴有尖锐的耳鸣。他仿佛又回到卧底的日子,恐怖份子严刑拷问他是不是特战队员,还给他戴上播放巨大噪音的耳机折磨他。石雨在隔壁房间听见厉剑峰痛苦的呻吟,闯进他的房间,发现厉剑峰蜷缩在厕所里,嘴里不停地说,“我不是特战队员。”看着厉剑峰害怕的样子,石雨怜悯地把他抱在怀里。厉剑峰这时候哭了起来。
第二天,厉剑峰终于向石雨敞开心扉。他这五年最痛苦的是没有真正睡过觉,怕睡着了暴露自己的身份,所以每天晚上都在装睡,这种痛苦太难受了。现在他一定积极配合治疗,争取能早日归队。因为他想报仇。石雨决心一定要治好厉剑峰,让他重新回到特战队。
石雨要厉剑峰开赛车,唱卡拉OK,做瑜伽,尽量放松自己的心情。她告诉那敏,厉剑峰的治疗有了重大突破,现在给他减药,也没有发现不良反应。
诗文又在杨爱萍面前说林指山的好话。杨爱萍觉得如果林指山是真心的,她不会不原谅他。林指山的秘书蓝雨用望远镜监视杨爱萍,看见她吃下诗文给她的药,立刻向林指山报告。
经过一段时间的治疗,厉剑锋终于可以安心地睡着了。石雨送来他的心理评估报告,说他已经完全康复,可以出院归队了。厉剑峰激动地抱起石雨,真心感谢石雨的帮助。石雨有些不知所措。
厉剑峰一回到特战队,就马上向那敏求婚,那敏幸福地点头。特战队员看到了都来起哄,只有杨灿心里不是滋味。
因为有夫妻两人不能同时在特战队的规定,那敏觉得特战队更需要厉剑峰,决定自己写调离申请报告。在特战队奋斗了十年,让那敏实在舍不得离开自己热爱的战场。想到必须给厉剑峰一个温暖的家,只有自己做出牺牲。常健安把那敏调到前敌指挥部情报科工作。
杨灿得知那敏要离开特战队,心里非常难受。他跑来找那敏,说她是自己心目中特战队的象征,她属于特战队,如果因为结婚离开特战队,她就是逃兵。杨灿坚决不同意那敏离开这里。那敏反问杨灿那她应该如何决定,在感情与理智的交锋下,杨灿只得选择让她离开。厉剑峰在远处看到杨灿和那敏在争论,知道那敏做出这种牺牲都是为了自己。
某矿区仓库里的炸药和雷管被盗,看守被杀死。考虑到不久后将举办的国际博览会,特战队怀疑这是恐怖组织有计划的行为。那敏报告自己已经盯上了犯罪嫌疑人李强。