共40集
《神鹰反恐特战队》讲述这群酷男靓女在和平年代面对一系列最危急的事件时如何取胜的故事，剧组采用“强情节、细感情”的原则，进行了大爱的处理。这里面交织着三段三角恋，既有“战友之爱不能夺，朋友之妻不能欺”的坚守，也有遵守“同在一队的特战队员相爱却不能结婚”的禁令等。武警战士杨灿背负已故父亲遗愿加入特战队，与铁血女教官那敏“针锋相对”，成了特战队另类的“编外兵”。当他旁观一场处突实战后，执意逃跑的杨灿死活留在特战队。在与神枪手赵晓波、侦察尖兵塔西、爆破尖兵老黑、武器小百科马小川、俏丽的心理医生石雨、女汉子教官那敏的朝夕相处中，桀骜不驯的杨灿逐渐定性沉稳。他的智慧和精神打动了战友，并和那敏产生了不一样的情愫。那敏前男友厉剑锋执行完特别任务回到特战队， 重又拨起那敏和闺中密友石雨的心弦。杨灿生父林指山出国多年突然归国，异常“关爱”杨灿母亲--电站工程师杨爱萍。在经历潜伏、反劫机、捣毁暴恐分子巢穴等战斗后，杨灿逐渐成熟。他以林指山亲生儿子的身份潜入敌营，与“死而复生”的战友那敏一起摧毁敌人的阴谋，拉开了特战队与暴恐分子的终极战役……
杨灿见到找兔子的那敏，才知道她不是一个不近人情的教官。杨灿感谢那敏把自己抓回来，让他认清了一直自以为是的自己。如果不努力训练，他最终只能是一个菜鸟，对不起自己的父亲。杨灿还说自己不轻易佩服别人，但现在他佩服那敏。这让那敏有些不好意思。杨灿也不知道为什么自己和那敏说了那么多心里话。
特战队接到密报，黑日组织有一批军火交易，需要查到他们的交货地点。考虑到杨灿之前向交易商太子购买过玩具枪，那敏向常建安推荐杨灿参加反恐实战，加上炊事班集体给杨灿求情，常健安同意杨灿加入这次反恐行动。
杨灿代号天眼，拿着三十万现金，假借帮朋友买武器和太子在酒吧见面。太子故意试探杨灿，要他砍掉一个手指头做担保。杨灿做势要走，被太子拦下。太子带着杨灿去见军火供应商，谁知被打晕。醒来发现在一个废弃的仓库里。黑日组织头目怀疑杨灿是内应，绑住他用枪顶着脑袋逼问，情急之下，杨灿想起临行前那敏给他的纸条上的信息。太子他们打电话给身在巴黎的玩具枪收藏家卢卡斯，发现杨灿说帮卢卡斯代买玩具枪是事实。杨灿经受了考验，暂时解除危险。为了不打草惊蛇，早已包围在外的特战队员也悄悄撤离现场。
那敏易妆进入酒吧和杨灿接头。太子说晚上要带杨灿一起去见世面，干一笔大买卖。杨灿借口去上洗手间，准备告诉那敏军火交易的时间和地点，谁知太子又故意安排人挑衅杨灿，为了不让对方发觉自己受过特殊训练，杨灿没有还手，让他们打得头破血流。那敏从杨灿处得知交易信息后急忙赶往交易码头。
太子带杨灿和黑日组织头目一手交钱，一手交货，头目告诉太子，下午已经查到杨灿是特战队的卧底，就是老枪的儿子。他这次来交易只是为了掩护真正的军火交易。没想到螳螂捕蝉，岂知黄雀在后，特战队早已洞悉他们的计划，杨灿这次来参加交易也只是在配合他们演戏。真正的军火交易也被特战队员一举拿下。
杨灿的妈妈杨爱萍在出租车里晕倒。柳诗文第一个赶到医院，说自己是病人的儿媳妇。