共40集
《神鹰反恐特战队》讲述这群酷男靓女在和平年代面对一系列最危急的事件时如何取胜的故事，剧组采用“强情节、细感情”的原则，进行了大爱的处理。这里面交织着三段三角恋，既有“战友之爱不能夺，朋友之妻不能欺”的坚守，也有遵守“同在一队的特战队员相爱却不能结婚”的禁令等。武警战士杨灿背负已故父亲遗愿加入特战队，与铁血女教官那敏“针锋相对”，成了特战队另类的“编外兵”。当他旁观一场处突实战后，执意逃跑的杨灿死活留在特战队。在与神枪手赵晓波、侦察尖兵塔西、爆破尖兵老黑、武器小百科马小川、俏丽的心理医生石雨、女汉子教官那敏的朝夕相处中，桀骜不驯的杨灿逐渐定性沉稳。他的智慧和精神打动了战友，并和那敏产生了不一样的情愫。那敏前男友厉剑锋执行完特别任务回到特战队， 重又拨起那敏和闺中密友石雨的心弦。杨灿生父林指山出国多年突然归国，异常“关爱”杨灿母亲--电站工程师杨爱萍。在经历潜伏、反劫机、捣毁暴恐分子巢穴等战斗后，杨灿逐渐成熟。他以林指山亲生儿子的身份潜入敌营，与“死而复生”的战友那敏一起摧毁敌人的阴谋，拉开了特战队与暴恐分子的终极战役……
在实战演习中，虽然杨灿的行为解救了人质，但由于他私自行动，违反了纪律，常健安还是给杨灿记了一个处分。
黑日组织的一号头目山猫在摄像机面前，残忍地杀害了一名国际刑警。由于反恐特战队的参与，化工厂爆炸计划和军火交易行动均遭失败，这激怒了山猫。他决心亲自带领七十多个在基地秘密受训的雇佣军，入境制造一起恐怖事件。
陆长风亲自把“神鹰特战队”的旗帜交给那敏，让她当代理队长。队员们都在议论，以后谁会是队长。
常健安收到在黑日组织的卧底飓风的情报，设计了代号为龙卷风的作战方案。雪狼特战队负责拦截恐怖组织车辆，新成立的神鹰特战队负责实施空中打击，支援雪狼特战队。
山猫在快入境时，突然决定改变路线，转向045号入境口。由于地形复杂，雪狼特战队只得徒步前往目地的，拦截恐怖组织车辆的任务就只有交给神鹰特战队。
山猫带领的车队刚入境，就发现中了反恐特战队的埋伏，他发现坐在身边的飓风是特战队的卧底，在打斗中，飓风受伤晕了过去。双方发生了激烈的枪战，山猫见形势不对，命属下开车逃回边境。杨灿见山猫要逃走，不听那敏的命令，果断地架驶飞机，冒着危险追踪山猫的车辆。这时雪狼特战队赶到，那敏把围剿剩余恐怖分子的任务交给塔西，也开车去追捕山猫。
在一座废弃的房子里，山猫用枪顶着代号飓风——特战队员厉剑峰的头，要杨灿和那敏放下枪。厉剑峰用队长的口吻，要那敏和杨灿服从命令开枪。杨灿却向那敏施暗号，要那敏一起把枪放下。山猫准备带厉剑峰逃走时，发现杨灿手中拿着炸弹的遥控器。原来，杨灿在进来之间，在门口布置了炸药。杨灿问山猫是想同归于尽还是自首，在山猫犹豫的瞬间，杨灿夺下了山猫手中的枪。
黑日组织一号人物山猫被捕，二号人物格尔特暴怒不止，发誓要报仇。他得知出卖山猫的人是特战队成员厉剑峰，三年前伪装成被中国政府通辑的逃犯进入基地的。
那敏和厉剑峰两位曾经的恋人分别多年后，以这样的方式重逢，那敏心中的疑问这才解开，眼泪忍不住流了下来。
在龙卷风行动中成功抓捕了山猫，常健安给神鹰特战队颁布集体二等功。杨灿临危不乱，救出卧底人员，抓捕山猫，获得个人二等功一次。但他擅自离队行动，又记一次大过，功过相抵。杨灿不同意功过相抵，要求分开算，向常健安讨要功章。