共40集
《神鹰反恐特战队》讲述这群酷男靓女在和平年代面对一系列最危急的事件时如何取胜的故事，剧组采用“强情节、细感情”的原则，进行了大爱的处理。这里面交织着三段三角恋，既有“战友之爱不能夺，朋友之妻不能欺”的坚守，也有遵守“同在一队的特战队员相爱却不能结婚”的禁令等。武警战士杨灿背负已故父亲遗愿加入特战队，与铁血女教官那敏“针锋相对”，成了特战队另类的“编外兵”。当他旁观一场处突实战后，执意逃跑的杨灿死活留在特战队。在与神枪手赵晓波、侦察尖兵塔西、爆破尖兵老黑、武器小百科马小川、俏丽的心理医生石雨、女汉子教官那敏的朝夕相处中，桀骜不驯的杨灿逐渐定性沉稳。他的智慧和精神打动了战友，并和那敏产生了不一样的情愫。那敏前男友厉剑锋执行完特别任务回到特战队， 重又拨起那敏和闺中密友石雨的心弦。杨灿生父林指山出国多年突然归国，异常“关爱”杨灿母亲--电站工程师杨爱萍。在经历潜伏、反劫机、捣毁暴恐分子巢穴等战斗后，杨灿逐渐成熟。他以林指山亲生儿子的身份潜入敌营，与“死而复生”的战友那敏一起摧毁敌人的阴谋，拉开了特战队与暴恐分子的终极战役……
神鹰特战队和雪狼特战队分别进入潜伏地点，控制了恐怖分子区域。厉剑峰坐着直升飞机降入指定地点和老姜见面，厉剑峰身上的微型传送器被搜出，和部队失去联系。老姜用厉剑峰带的电棍折磨他，却被电棍里的定位装置暴露了位置。看到拖延的时间差不多了，老姜准备撤离，并留下的两个人处理厉剑峰。
厉队故意和敌人拖延时间，趁机挣脱了绳子，制服了敌人。老姜转移到炼油厂的铁轨旁，陆长风分析他们是在等待什么。油厂主任想起每天五点半会有一辆满载的油鑵车沿铁轨开来。常健安确定恐怖分子是想利用右边废弃的铁轨，打开道闸，让引爆的油鑵车驶入电力中心基站，破坏电力系统。
五点半，满载的油鑵车开来，匪徒拉动道闸，被劫持的油鑵车改变轨道，驶向电力中心基站。那敏带领神鹰特战队跳上开动的油鑵车顶，击毙匪徒，拉动刹车，成功拦截了油鑵车。
清理战斗现场的时候，倒在地上的老姜突然开枪，石雨替厉剑峰挡住子弹。石雨用微弱的声音对厉剑峰说，“我幻想这样被你抱着很久了。”厉剑峰悲痛万分。
接连发生的一系列恐怖活动，让常健安觉得恐怖分子蓄谋已久。他们企图炸毁电力调配中心，让服务系统瘫痪，再乘虚而入。常健安指示陆长风，把林指山当成最大的诱饵，引出绿玛瑙基金后面的老总，再一网打尽。林指山对这次行动失败并不在意，他要蓝雪按计划执行暗夜计划，利用科技公司的老总陈子杰的弱点，让他代替黑客安东尼奥，侵入电力中心服务系统。
厉剑峰一直守在石雨的病房，不愿离开。第一次手术过后，石雨还没有醒来。厉剑峰要石雨一定要挺住，他会一直陪着这里。那敏见好友还没脱离危险，失声痛哭。她跑到失恋摊坐了一夜，等待日出时为石雨许愿。