共40集
《神鹰反恐特战队》讲述这群酷男靓女在和平年代面对一系列最危急的事件时如何取胜的故事，剧组采用“强情节、细感情”的原则，进行了大爱的处理。这里面交织着三段三角恋，既有“战友之爱不能夺，朋友之妻不能欺”的坚守，也有遵守“同在一队的特战队员相爱却不能结婚”的禁令等。武警战士杨灿背负已故父亲遗愿加入特战队，与铁血女教官那敏“针锋相对”，成了特战队另类的“编外兵”。当他旁观一场处突实战后，执意逃跑的杨灿死活留在特战队。在与神枪手赵晓波、侦察尖兵塔西、爆破尖兵老黑、武器小百科马小川、俏丽的心理医生石雨、女汉子教官那敏的朝夕相处中，桀骜不驯的杨灿逐渐定性沉稳。他的智慧和精神打动了战友，并和那敏产生了不一样的情愫。那敏前男友厉剑锋执行完特别任务回到特战队， 重又拨起那敏和闺中密友石雨的心弦。杨灿生父林指山出国多年突然归国，异常“关爱”杨灿母亲--电站工程师杨爱萍。在经历潜伏、反劫机、捣毁暴恐分子巢穴等战斗后，杨灿逐渐成熟。他以林指山亲生儿子的身份潜入敌营，与“死而复生”的战友那敏一起摧毁敌人的阴谋，拉开了特战队与暴恐分子的终极战役……
医生告诉柳诗文，病人得的是一种叫PNH血液病，这种病治疗费高，还容易反复发作。而且病人的情绪不能激动，在饮食方面特别要注意，不能吃酸冷的食物，诗文把医生说的话都认真地记了下来。
林指山得知杨爱萍得了重病，急忙赶来医院，秘书问他是不是过去和杨爱萍认识，林指山要她不要多问。林指山来到医院想看杨爱萍一眼，却被她拒绝。
杨灿匆匆赶来医院，兴奋地告诉柳诗文自己第一次参加反恐行动，象爸爸一样当了一次卧底，特战队大获全胜，他也能重新回到特战队了。柳诗文得知后却吓得脸色苍白。柳诗文怕杨灿担心，不安心训练，没有告诉他母亲的真实病情，只说因为疲劳过度而晕倒的，休息几天就好了。
杨灿成功完成反恐任务，回归特战队，战友们都非常高兴。大家为他准备了一桌庆功宴。塔西对杨灿的态度也从轻视到敬佩，他向杨灿敬酒，主动表示愿意当杨灿的陪练，建议两人进行一场狙击比赛。杨灿在练习射击的时候，那敏告诉他，当一名狙击手最重要的时候不是心静，是心动，因为目标是移动的。在特战队，能在恶劣的条件下，利用抛物线延长射程命中目标的，在特战队只有两个人能做到，一个是指挥长常健安，另一个就是老队长李远征。
秘书告诉林指山，瑞士研制一种治疗PNH血液病的新药，还在临床阶段。林指山要她不惜一切代价弄到这种药。
杨爱萍一回家又忙于工作，柳诗文要她多休息。看到诗文躲闪的目光，杨爱萍知道她没有说实话，隐瞒了自己的病情。杨爱萍看过自己的病情诊断报告，很镇定，反而安慰柳诗文。杨爱萍告诉柳诗文，她和林指山、李远征三人曾经是大学同学，后来林指山出国了，离开的时候说自己根本不爱这个国家，现在却回来投资，很让人很意外。现在他们只是甲方乙方的关系，她根本不想见到他。这时，林指山坐在杨爱萍家对面的茶室，窥探她在家的情况。
塔西和杨灿狙击比赛开始。第一目标，第二目标，两人都同时击中。到达第三目标时，当时的风向、湿度、风速、气压都不利于狙击，而且目标远在二千米外。塔西决定放弃。杨灿仍在坚持，他想起那敏对她说的利用抛物线延长射程的要点，扣动扳击，命中目标。杨灿赢了。
那敏组织特战队第一次参与实战演习，目标是突袭恐怖组织，救出人质。双方进行对抗后特战队成功攻入人质关押点。只有杨灿觉得外围火力太弱，不太对劲，就私自在进来的路上安装了炸药。特战队成功解救人质后，却陷入敌方埋伏。扮演反方角色的雪狼特战队正要宣布那敏带领的特战队失败，杨灿举起炸药摇控器说，游戏并没有结束。要么同归于尽，要么放我们走。雪狼特战队的卫队长只得认输。卫队长表扬杨灿是第二个厉剑峰，那敏立刻拉下了脸，说那是一个不称职的特战队员。