共40集
《神鹰反恐特战队》讲述这群酷男靓女在和平年代面对一系列最危急的事件时如何取胜的故事,剧组采用“强情节、细感情”的原则,进行了大爱的处理。这里面交织着三段三角恋,既有“战友之爱不能夺,朋友之妻不能欺”的坚守,也有遵守“同在一队的特战队员相爱却不能结婚”的禁令等。武警战士杨灿背负已故父亲遗愿加入特战队,与铁血女教官那敏“针锋相对”,成了特战队另类的“编外兵”。当他旁观一场处突实战后,执意逃跑的杨灿死活留在特战队。在与神枪手赵晓波、侦察尖兵塔西、爆破尖兵老黑、武器小百科马小川、俏丽的心理医生石雨、女汉子教官那敏的朝夕相处中,桀骜不驯的杨灿逐渐定性沉稳。他的智慧和精神打动了战友,并和那敏产生了不一样的情愫。那敏前男友厉剑锋执行完特别任务回到特战队, 重又拨起那敏和闺中密友石雨的心弦。杨灿生父林指山出国多年突然归国,异常“关爱”杨灿母亲--电站工程师杨爱萍。在经历潜伏、反劫机、捣毁暴恐分子巢穴等战斗后,杨灿逐渐成熟。他以林指山亲生儿子的身份潜入敌营,与“死而复生”的战友那敏一起摧毁敌人的阴谋,拉开了特战队与暴恐分子的终极战役……
厉剑峰带那敏到当年他们常来的地方。经过一夜的思考,他告诉那敏,他们这样草率结婚没有意义。他们之间不是爱情,而是惯性。那敏对他的感情一直是盲目崇拜,是不平等的。他们应该恢复到战友关系,取消登记结婚。那敏同意了。
常健安不同意他们取消婚约,要厉剑峰写一份检讨书。杨灿找到厉剑峰,说他对那敏不负责任。而石雨也对厉剑峰不客气,说是他心理出毛病。面对所有人的指责,厉剑峰并不没有说出昨晚的事,
那敏来看望陆长风,请求他向常健安求情,调她回特战队。那敏觉得根据特战队的纪律,队内不能恋爱。如果她调回特战队,厉剑峰就有重新选择的机会,他是个好男人,应该得到更完整的爱。而杨灿就不能有别的想法。她自己也可以全身心地投入特战队的任务中去。陆长风答应帮她说情。
那敏对常健安说,厉剑峰永远是她的领导,亲密的战友和兄长。常健安只得同意把她调回特战队,让时间来检验一切。
杨灿想来找那敏安慰她,石雨说他是第三者。那敏冷漠地对杨灿说,她和厉剑峰分手绝不是因为他。
石雨又在关心那敏的事,那敏知道石雨心里一直有个十分爱慕的人,问她那个人怎么从来没有出现过。石雨语言躲闪。那敏请求石雨多关心厉剑峰。
石雨为了开导厉剑峰,给他送来很多欧美大片的影碟,厉剑峰很喜欢。石雨看着他的侧影,压抑许久的感情浮出水面,她怕控制不住自己,跑开了。厉剑峰不知道怎么回事。
绿玛瑙基金为了实施他们的计划,非常需要一位叫安东尼奥的电脑黑客,现在他正关押在黑日组织国家所在的监狱,过不久就会引渡回美国。他们找到黑日组织现在的头目皮特森, 要和他们联合劫狱。
当地反恐特战队得知他们的计划,决定和中国的特战队联手,利用这次劫狱事件,一举消灭黑日组织。
常健安通知厉剑峰,神鹰特战队将和友军进行联合反恐演习。林指山得知这个消息,没有怀疑,反而认为这是劫狱的好机会。
那敏做为神鹰特战队的副队长正式归队。他悄悄告诉厉剑峰,常健安指示他保持体力,随时等待新任务。厉剑峰明白这不是简单的演习,而是为迷惑敌人放出的烟雾弹。
林指山通过窃听得知联合军演的地点离监狱有二百多公里,马上打电话要蓝雨放心,说这次劫狱没有问题。