共40集
《神鹰反恐特战队》讲述这群酷男靓女在和平年代面对一系列最危急的事件时如何取胜的故事，剧组采用“强情节、细感情”的原则，进行了大爱的处理。这里面交织着三段三角恋，既有“战友之爱不能夺，朋友之妻不能欺”的坚守，也有遵守“同在一队的特战队员相爱却不能结婚”的禁令等。武警战士杨灿背负已故父亲遗愿加入特战队，与铁血女教官那敏“针锋相对”，成了特战队另类的“编外兵”。当他旁观一场处突实战后，执意逃跑的杨灿死活留在特战队。在与神枪手赵晓波、侦察尖兵塔西、爆破尖兵老黑、武器小百科马小川、俏丽的心理医生石雨、女汉子教官那敏的朝夕相处中，桀骜不驯的杨灿逐渐定性沉稳。他的智慧和精神打动了战友，并和那敏产生了不一样的情愫。那敏前男友厉剑锋执行完特别任务回到特战队， 重又拨起那敏和闺中密友石雨的心弦。杨灿生父林指山出国多年突然归国，异常“关爱”杨灿母亲--电站工程师杨爱萍。在经历潜伏、反劫机、捣毁暴恐分子巢穴等战斗后，杨灿逐渐成熟。他以林指山亲生儿子的身份潜入敌营，与“死而复生”的战友那敏一起摧毁敌人的阴谋，拉开了特战队与暴恐分子的终极战役……
杨灿在山脚找到晓波，晓波要他别管自己，去执行任务，杨灿坚持不丢下晓波。最后杨灿扶着受伤的晓波成功到达山顶的目的地。卫队长和他的队友目送他们登顶，并没有开枪，在他心中杨灿他们赢了。
林指山和杨爱萍因为工作关系见面。林指山向当年离开杨爱萍道歉，说自己回来是向她和国家赎罪的，还给她从瑞士找到新药。杨爱萍并不领情，没有接受他的心意。
杨爱萍来找陆长风支队长，她感谢部队培养了杨灿，同时又很担心，害怕杨灿有个三长两短，因为家里不想再有一个烈士。陆长风向常健安汇报了杨爱萍的想法，常健安虽然觉得杨灿是特战队的好苗子，但也能理解一位母亲的心情，下决心把杨灿调到相对安全的地方，给杨家留下好苗子。
厉剑锋给队员讲话，在正面肯定队员的时候，接到陆长风的电话。放下电话的厉剑锋，却突然话锋一转，因为杨灿没有执行上级的命令，此次行动就是不合格，因为军人是以服从命令为天职。厉剑峰当众宣布，杨灿离开神鹰特警队，去警犬队报道。杨灿怎么也没想到会受到这个处分，非常不服气。厉剑峰为了让杨灿发泄，让杨灿一只手，要他和自己打一架。知情人说，厉剑锋获得过特战队连续八年的自由博击冠军，他即使让杨灿一只手，杨灿也打不赢。那敏急忙赶到，把扭打在一起的两人拉开。
那敏不理解厉剑锋的决定，问他是不是看杨灿不顺眼，故意的，自己越来越不懂他了。厉剑锋意味深长地说那敏长大了，自己并不是让她失望的人。那敏心中很不平静，不知道是不是错怪他了。
陆长风知道让厉剑锋宣布对杨灿的处分，让他背上了不近人情的黑锅。厉剑峰说自己其实也舍不得放杨灿走，他是个干特警的好材料。杨灿临行时，那敏送给他许多有关反恐的书，鼓励他是金子总会发光了。杨灿嘱咐那敏不要把他调到警犬队的事告诉妈妈。
杨灿在警犬队遇到一只因为犯错误被淘汰的排爆狗黑豹，觉得它和自己很象，有同病相怜的感觉。杨灿不想放弃黑豹，经常带着它训练，还打电话给柳诗文，要她带狗粮来给黑豹奖励。