共40集
《神鹰反恐特战队》讲述这群酷男靓女在和平年代面对一系列最危急的事件时如何取胜的故事，剧组采用“强情节、细感情”的原则，进行了大爱的处理。这里面交织着三段三角恋，既有“战友之爱不能夺，朋友之妻不能欺”的坚守，也有遵守“同在一队的特战队员相爱却不能结婚”的禁令等。武警战士杨灿背负已故父亲遗愿加入特战队，与铁血女教官那敏“针锋相对”，成了特战队另类的“编外兵”。当他旁观一场处突实战后，执意逃跑的杨灿死活留在特战队。在与神枪手赵晓波、侦察尖兵塔西、爆破尖兵老黑、武器小百科马小川、俏丽的心理医生石雨、女汉子教官那敏的朝夕相处中，桀骜不驯的杨灿逐渐定性沉稳。他的智慧和精神打动了战友，并和那敏产生了不一样的情愫。那敏前男友厉剑锋执行完特别任务回到特战队， 重又拨起那敏和闺中密友石雨的心弦。杨灿生父林指山出国多年突然归国，异常“关爱”杨灿母亲--电站工程师杨爱萍。在经历潜伏、反劫机、捣毁暴恐分子巢穴等战斗后，杨灿逐渐成熟。他以林指山亲生儿子的身份潜入敌营，与“死而复生”的战友那敏一起摧毁敌人的阴谋，拉开了特战队与暴恐分子的终极战役……
蓝雪通过监听，发现火狐的据点泄露了。林指山要她马上通知火狐撤离。杨灿和队友进入敌人盘踞的窝点，发现空无一人，而煤气灶上还在煮东西。而常健安早已安排雪狼队跟踪逃脱的敌人。
无人机监视到汽车进入卧龙山庄度假村，火狐早就躲藏在这。蓝雪送给火狐一批禁运武器。原来林指山所属的BY集团的大股东是绿玛瑙基金，专门给黑帮洗钱。火狐把黑日组织在世界各地的帐户交给蓝雪保管。有绿玛瑙基金的帮助，火狐相信他们黑日组织正在策划的刺杀阿巴斯部长的阿修罗计划一定会成功。
特战队侦查到卧龙山庄里有个大型的地下Du场。小川化妆成马家大少爷进入Du场。绿玛瑙基金比尔先生的电脑里有Du场客户资料。杨灿爬上楼，换上服务员的衣服开枪击中比尔。常健安命令对比尔的电脑进行远程解密。杨指山发现有人入侵他们的主机，知道事情有变，马上关掉电源，要蓝雪带火狐离开卧龙山庄。临走时蓝雪在小川喝的酒里下了毒。蓝雪和火狐逃脱。
从恢复的数据里，特战队得知林指山的BY集团大股东是绿玛瑙基金。为了探明他们有什么更大的阴谋，常健安指示对他们暂不抓捕。林指山窃听到常健安在训斥部下，不仅把火狐放跑，还没得到任何证据。林指山这才放下心来，命令蓝雪除掉火狐。蓝雪告诉林指山，黑日组织的阿修罗计划是在中国举办的世界园艺博览会上除掉他们国家内务部长阿巴斯。
格尔特找到杀手联盟的高手刺身，付给他一半定金六百万。
厉剑峰熟悉刺身，他曾经是特种部队里的狙击手，和厉剑峰在世界特种兵大赛交锋，俩人不相上下，并列第一。刺身在他的国家分裂后，沦为雇佣兵和杀手。
特战队最新武器神盾，可以用激光反射波捕捉到狙击手的狙击镜，快速识别狙击手的位置。只是它最快识别时间需要十秒，而熟练的狙击手只要五秒就能射击。需要特战队制定战略来拖延时间。
常健安安排陆长风带领神鹰特战队到格尔特所在的国家和当地特警联合歼灭黑日组织。厉剑峰在国内负责安保工作。