共65集
商纣王时代，天界神位空缺，世间人妖杂处，乱象横生。凡人少年杨戬，在一次与狐妖的遭遇中意外开启了天眼。万年狐妖附身于冒名救主的侍女小娥，造就了一代妖妃“苏妲己”，此后纣王设置炮烙酷刑，诛杀重臣，使得商朝统治迅速走向崩溃。元始天尊决定借商周大战完成封神大计，他的三个门徒——姜子牙、申公豹、玉鼎真人，各领师命下山。姜子牙历经磨难，终于统率仙界，辅佐周王之路。申公豹则成为妖界首领，为争夺神位与姜子牙展开了漫长的斗争。玉鼎真人为救人类栽培杨戬，杨戬却凡心顽固，最终凭着对小娥爱情的执着，竟意外完成了使命。武王伐纣之时，妖仙二界决战，双方最终同归于尽。元始天尊说出两份封神榜单的真相，申公豹拒绝接受，投海自尽。姜子牙最终成为封神之人，将二榜合一，公平分配了天界的神位，而世间从此归属人类掌控 。
姜王后将桃木剑请出来给商王查看，称桃木剑可除掉宫中的妖怪。商王被姜王后说服，他前来看宫女的尸体。正在这时，一阵诡异的琴声响起，宫女突然睁开了眼睛，姜王后断定宫中必有妖怪，她要求让妲己来杜太师的面前一见，商王不肯同意，姜王后动之以情，晓之以理地劝说，商王方才同意让妲己前来面圣，同时宣王叔比干，武成王一同觐见。
姜子牙将杨戬跟武吉一同带回马氏面馆，称二人都是他的徒弟。马小红看到姜子牙没有带回钱，反倒带回了武吉，她气不打一处来，再次出手殴打了姜子牙。王宫中，妲己接到命令后，心底忐忑不安地前来见商王，而子虚正在妖界中畅饮，他逍遥自在地认为人家富贵莫过于帝王，可帝王富贵却莫过于他的蜜壶。殿堂上，姜王后称她要送妲己一把小木剑，正当姜王后将木剑拿出，妲己右手却产生异常，而子虚在娇界中也感到了异样。杜太师当众称妲己此刻浑身上下正应该是火烧火燎地疼，姜王后继续乘胜追击，她上前将桃木剑送给妲己，桃木剑乃是除妖之物，妲己面对着桃木剑浑身瑟抖，不敢接过。
桃木剑能证明妲己是否妖孽，妲己被迫接下桃木剑，关键时刻子虚赶到宫中，他附身于妲己身上，令妲己轻而易举地接过了桃木剑。杜太师已经在妲己身上闻到了妖味，他以身家性命担保，向商王请求当众诛杀妲己，商王犹豫不决，妲己却手持桃木剑来到杜太师面前，愿意让杜太师手持桃木剑诛杀她，但若是桃木剑无法诛杀她，就证明了她并非是妖怪。杜太师拿出了随身携带的符咒，将符咒附于桃木剑上，再将剑刺向妲己，只见妲己浑身抽搐，形神剥离地晕倒在了地上。正在众臣误以为妲己是妖已死之时，妲己却笑着醒过来，她称自己并非是妖怪，这只不过是她跟众人开的一个玩笑，她当众斥责起了姜王后的蓄意栽赃。姜王后认为极有可能是他们错怪了妲己，杜太师却坚称妲己必是妖孽，只不过妲己的妖性已登峰造极，并非是他所能降服。商王震怒于杜太师一而再再而三对妲己的污蔑，妲己却出言替杜太师求情，她称宫中必有妖，只不过妖不在她身上，所以她要求杜太师用桃木剑刺杀他自己以证清白。不曾想，杜太师却突然畏惧起了桃木剑，商王将桃木剑刺进杜太师身体中，杜太师突然当场死亡，尸体变成了一具妖物。
后宫，姜王后心痛不已，认为自己错怪了妲己，她没想到杜太师才是妖孽，王叔比干摇头轻叹，认为事情未必这么简单，杜太师虽是妖，可妖却有良善之分，内心险恶的人远远比善良的妖更加可怕。比干敬佩姜王后处事不惊的做法，姜王后更是钦佩比干，比干却称他日后必不会有善终。另一边，妲己正在意外杜太师竟是狼妖，子虚对此并不见怪，他早已经嗅出杜太师身上的妖味，且狐狼两族仇深似海，他恨杜太师入骨。现如今杜太师已除，妲己的复仇之路更加平坦，子虚想要知道妲己的下一步，妲己看着镜中的自己，决心要出手对付姜王后。
床上，妲己跟商王温存，商王向妲己保证，终有一日他定会废了姜王后，立妲己为后。妲己出言替姜王后求情，商王认为妲己心地善良，他让妲己提一个要求，他必会满足妲己。次日，商王按照妲己的要求，他将苏护追封为靖王，并享王位，按国礼厚葬。妲己跪在双亲灵前，复仇心思越发浓烈，她发誓，商王带给她的所有痛苦，她都要商王加倍偿还，她要磨灭商王的意志，让商王体验失去至亲的痛苦。
姜子牙来到城外河边见杨戬跟武吉，他让武吉拿着木剑去劈断流水，直到能将流水劈断为止才可以吃饭，至于杨戬则开始数豆子，姜子牙将一把豆子撒向天际，要求杨戬准确无误地一眼数出数量。交待完任务后，姜子牙回去吃饭，杨戬在数豆子之时闭目打坐，他看到了自己日后痛苦的未来，浑身也如刀割一般疼痛。姜子牙归来后，武吉还无法完成任务，姜子牙手持木剑向武吉演示了一遍，之后他来到杨戬身边，杨戬将自己看到异常的事情告诉姜子牙，姜子牙称人一旦拥有异能就会付出代价，但往往其承受的痛苦会超过异能所得。杨戬此番看到的未来正是杨戬为天生的黑天眼所付出的代价。