共46集
本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年,贪墨横行、民不聊生。严嵩(倪大宏 饰)党羽密布、权倾朝野,清官海瑞(黄志忠 饰)不惧强权,敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜(陈宝国 饰)练道修玄二十载,始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达,市井文化也算繁荣,但社会各阶层矛盾突出,国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满,“倒严”之声喧嚣甚上,从上至下、从里到外,从朝廷到地方官府,到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台......
嘉靖帝没拆封就烧了海瑞的急递,严嵩和徐阶都敏锐到背后的深意。严嵩立刻狠手反击,奏请将通倭的齐大柱逮拿严办,反守为攻。嘉靖帝心中深恶勉强准如所请,接着命徐阶到裕王府和高拱、张居正,拟决郑泌昌、何茂才,褒奖胡宗宪、戚继光等一干有功将士,呈司礼监批红。同时,嘉靖帝下旨高翰文官复原职,重回翰林院。江南织造局今年的五十万匹丝绸是织不成了,严嵩奏请让鄢懋卿南巡两淮的盐税,为国敛财。 严嵩奏请嘉靖帝抓捕海瑞放了的齐大柱,意在打击正在浙江查案的海瑞等人,裕王和徐阶高拱、张居正无不义愤填膺。 黄锦奉吕芳之命到诏狱放了高翰文、芸娘。芸娘执意要回杭州。黄锦将一张司礼监的文牒送与芸娘护身,还有一张吕芳的银票。高翰文自知错怪芸娘,临行前告诉芸娘自己也再不会弹琴了,将自己记的一些琴谱还有买的几件衣服送与芸娘,并拜托芸娘将几封书信转交海瑞、王用汲。陈洪知道此事,污蔑黄锦私放芸娘,是想替杨金水开罪,二人大打出手。