共52集
《仙剑奇侠传三》故事的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌,封印被解除开始的。但是,更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手,一直难分胜负,两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗,一较高下。两人势均力敌,比试旷日持久,最终惊动了天庭,天帝派兵捉拿飞蓬问罪,飞蓬因感知到追兵将至而分心,佩剑被重楼打落人间而落败。光阴荏苒,飞蓬被神界问罪贬为人,经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。同时,重楼自魔界窥探人间,偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡,心中动念想要帮助景天,于是来到人间,滋扰蜀山,想要帮飞蓬找回佩剑,无意中毁坏了锁妖塔,偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天得到魔剑的同时,结识了唐门小姐雪见,从此改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中,而后遇到蜀山弃徒徐长卿及其未婚妻紫萱,走上了协助蜀山寻找五灵珠,封印锁妖塔的漫漫征途。几个人的情爱纠葛,生离死别反复交织纠缠,雪见的离奇身世,紫萱不为人知的秘密,龙葵长久以来的心中愿望。伴随着人类与妖界死生存亡的争斗,而其实人的欲望,才是所有纷争的本源。
花楹乘乱,探得神魔之井所在,景天和长卿打至神魔之井口。紫萱掩护,二人发现通天石,同样要击上二人的掌印,才能打开通天之门。两人通过神魔之井直登天界,天兵吹奏圣乐,一片和谐快乐。景天和长卿来到大殿,天帝称呼景天为飞蓬,景天忍不住开口询问。天帝道出往事,原来景天降落人世前,是神界的飞蓬将军!飞蓬神勇无敌,自从他镇守南天门后,没有任何妖魔敢到天界作恶,一片安静。神界越是安详,飞蓬就越是难以抑制心中涌起的渴望,他需要一个对手——魔尊重楼。飞蓬与重楼因两界冲突而屡屡交手,难分胜负,二人渐渐变得惺惺相惜。一日,重楼诱惑飞蓬,提出到新仙界进行一场终极决斗。明知触犯天条,但飞蓬还是奈不住无敌的寂寞,毅然答应了。飞蓬擅离职守,导致神界中门大开,妖魔乘机侵袭。天帝大怒,派天兵捉拿飞蓬,随即飞蓬被天帝贬落凡间。