共52集
《仙剑奇侠传三》故事的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌,封印被解除开始的。但是,更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手,一直难分胜负,两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗,一较高下。两人势均力敌,比试旷日持久,最终惊动了天庭,天帝派兵捉拿飞蓬问罪,飞蓬因感知到追兵将至而分心,佩剑被重楼打落人间而落败。光阴荏苒,飞蓬被神界问罪贬为人,经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。同时,重楼自魔界窥探人间,偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡,心中动念想要帮助景天,于是来到人间,滋扰蜀山,想要帮飞蓬找回佩剑,无意中毁坏了锁妖塔,偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天得到魔剑的同时,结识了唐门小姐雪见,从此改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中,而后遇到蜀山弃徒徐长卿及其未婚妻紫萱,走上了协助蜀山寻找五灵珠,封印锁妖塔的漫漫征途。几个人的情爱纠葛,生离死别反复交织纠缠,雪见的离奇身世,紫萱不为人知的秘密,龙葵长久以来的心中愿望。伴随着人类与妖界死生存亡的争斗,而其实人的欲望,才是所有纷争的本源。
那个神秘人,来自魔界的魔尊——重楼。重楼来到凡间,是为了唤起他那位终极对手飞蓬将军的记忆,更是要向他宣战!他们还要继续那一场未完的决斗!与此同时,重楼取走魔剑的时候,破坏了锁妖塔,使得锁妖塔不堪一击,被禁锢在塔里的邪剑仙蠢蠢欲动,一旦练成魔法,超越六界、后患无穷。情急之时,清微派常胤镇守锁妖塔,搜集六界情报;委派长卿下山找寻景天。找寻景天的不止长卿一个,魔尊重楼找到景天后,他带着一把奇怪的古剑,以一文钱送给了景天。此古剑虽有百来斤之重,但极具有灵性,它彷佛认定了景天是主人,不离不弃,跟随他上山下海!没想到,景天竟是神界飞蓬将军。他的本来身份就是守护神界、抵御外敌的神界将军,整个神界两千年来,没有一位是飞蓬的对手!只是,今日的景天早已远不敌当年,根本无法和昔日的飞蓬相提并论,更加没有办法继续那一场未完的决斗!