共52集
《仙剑奇侠传三》故事的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的。但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下。两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败。光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。同时，重楼自魔界窥探人间，偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡，心中动念想要帮助景天，于是来到人间，滋扰蜀山，想要帮飞蓬找回佩剑，无意中毁坏了锁妖塔，偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天得到魔剑的同时，结识了唐门小姐雪见，从此改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中，而后遇到蜀山弃徒徐长卿及其未婚妻紫萱，走上了协助蜀山寻找五灵珠，封印锁妖塔的漫漫征途。几个人的情爱纠葛，生离死别反复交织纠缠，雪见的离奇身世，紫萱不为人知的秘密，龙葵长久以来的心中愿望。伴随着人类与妖界死生存亡的争斗，而其实人的欲望，才是所有纷争的本源。
长卿如懂读心，劝人向好，劝强盗向善，赌徒戒赌，病人去看医生。有些人相信长卿，有些人却不理会。最后，有衙役来，说他到处散播谣言，妖言惑众，要押长卿回官府。长卿被关牢房，邪剑仙十分兴奋的吸取养份。为了给众囚犯一次改过自新的机会，长卿运功把牢房的门都打开，放囚犯离开，叮嘱他们不再做坏事，不要再回来！随后长卿因擅放囚犯被抓至公堂，他表示愿意替众人顶罪，于是在广场上杖打示众。邪剑仙来看长卿，发现如今的牢房里已完全没有了邪念，连狱卒都没有了恶念，因为他们都对被毒打的长卿感到同情。失望的邪剑仙突然想到这世上有一个牢房是蜀山弟子永远去不了的。长卿闻之，赶紧通知常胤。清微宣布，蜀山进入紧急状态，邪剑仙随时会攻来！景天在练武中灵光一闪，说要跟邪剑仙赌一把。一日风云色变，常胤测到异象，大为紧张，邪剑仙迫近蜀山，极可能在一个时辰内到达！景天向清微表示不用通知众人，以免引起恐慌，他带同茂山二人去锁妖塔应付。