共52集
《仙剑奇侠传三》故事的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌,封印被解除开始的。但是,更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手,一直难分胜负,两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗,一较高下。两人势均力敌,比试旷日持久,最终惊动了天庭,天帝派兵捉拿飞蓬问罪,飞蓬因感知到追兵将至而分心,佩剑被重楼打落人间而落败。光阴荏苒,飞蓬被神界问罪贬为人,经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。同时,重楼自魔界窥探人间,偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡,心中动念想要帮助景天,于是来到人间,滋扰蜀山,想要帮飞蓬找回佩剑,无意中毁坏了锁妖塔,偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天得到魔剑的同时,结识了唐门小姐雪见,从此改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中,而后遇到蜀山弃徒徐长卿及其未婚妻紫萱,走上了协助蜀山寻找五灵珠,封印锁妖塔的漫漫征途。几个人的情爱纠葛,生离死别反复交织纠缠,雪见的离奇身世,紫萱不为人知的秘密,龙葵长久以来的心中愿望。伴随着人类与妖界死生存亡的争斗,而其实人的欲望,才是所有纷争的本源。
得知水碧和溪风终成眷属,紫萱有所感悟,把自己的心还给了重楼。突然海底城震动得十分厉害,海底火山爆发,众人不得不迅速离开。而溪风和水碧则已经商量好,愿意一起携手镇住火山。众人离开海底城,紫萱打开了贝壳,吐出一粒珠子,这便是圣灵珠!长卿和紫萱直接回到蜀山,圣姑马上替青青儿施法。圣姑指出,众人在离开前往海底城后,蜀山甚至整个人间都发生了可怕的变化!原来邪剑仙来了!他已完全控制了人间。并声言六月六日,正是人类的末日了。景天得知众人都已死去,愤怒之余狂奔着去找邪剑仙报仇!邪剑仙出现,笑称上次上了景天的当,问景天可愿意再赌?景天悲愤,拔起魔剑直指邪剑仙。邪剑仙功力深不可测,景天等人还未出招,已纷纷中招。长卿和紫萱御剑而至,直冲向邪剑仙。长卿欲出招,怎料,居然被邪剑仙吸了入口中。众人根本无法接受长卿已死的事实。景天相信邪不能胜正,一定要替长卿报仇。景天等人替长卿在偏厅设了灵堂。忽然,门外传来吵闹声,原来是必平来了!他替邪剑仙给景天带信,请景天明天辰时到蜀山,邪剑仙要跟景天赌。