共52集
《仙剑奇侠传三》故事的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌,封印被解除开始的。但是,更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手,一直难分胜负,两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗,一较高下。两人势均力敌,比试旷日持久,最终惊动了天庭,天帝派兵捉拿飞蓬问罪,飞蓬因感知到追兵将至而分心,佩剑被重楼打落人间而落败。光阴荏苒,飞蓬被神界问罪贬为人,经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。同时,重楼自魔界窥探人间,偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡,心中动念想要帮助景天,于是来到人间,滋扰蜀山,想要帮飞蓬找回佩剑,无意中毁坏了锁妖塔,偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天得到魔剑的同时,结识了唐门小姐雪见,从此改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中,而后遇到蜀山弃徒徐长卿及其未婚妻紫萱,走上了协助蜀山寻找五灵珠,封印锁妖塔的漫漫征途。几个人的情爱纠葛,生离死别反复交织纠缠,雪见的离奇身世,紫萱不为人知的秘密,龙葵长久以来的心中愿望。伴随着人类与妖界死生存亡的争斗,而其实人的欲望,才是所有纷争的本源。
日光下,莲花池一片朦胧,在池中唯一的一朵莲花上,正安放着青儿。原来,五长老皆拥有一朵“护心莲”──助他们廷年益寿,若遇危险可救命,千年才能养出,是历代掌门用心血滋养而成。苍古用了他的护心莲救了景天!因为青儿是女娲后人,身份跟景天不同。护心莲只能养着她,让她维持现状,若想她长大,必要灵珠附体。清微告诉众人,还有一颗圣灵珠可以救亲儿,要他们现在立即赶到海底城。众人来到一安宁的渔村,只见一老人面色慈祥,教育孩子捡贝壳。景天正准备向老人打听这里是何处,老人却开口提及圣灵珠,倒是把景天等人一愣。老人以缓慢的语调,却述说了当地安溪的一个传说。原来以前的安溪,把贝壳放在耳畔,就能听见一个男人动听的声音。然而现在却没有了,这源于是和一个男人和一个天神女子相恋的故事。长卿问起这个地方的来历和圣灵珠的关系,老人一一作答。