共52集
《仙剑奇侠传三》故事的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的。但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下。两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败。光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。同时，重楼自魔界窥探人间，偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡，心中动念想要帮助景天，于是来到人间，滋扰蜀山，想要帮飞蓬找回佩剑，无意中毁坏了锁妖塔，偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天得到魔剑的同时，结识了唐门小姐雪见，从此改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中，而后遇到蜀山弃徒徐长卿及其未婚妻紫萱，走上了协助蜀山寻找五灵珠，封印锁妖塔的漫漫征途。几个人的情爱纠葛，生离死别反复交织纠缠，雪见的离奇身世，紫萱不为人知的秘密，龙葵长久以来的心中愿望。伴随着人类与妖界死生存亡的争斗，而其实人的欲望，才是所有纷争的本源。
天兵领长卿至天池，邪剑仙不住呼唤长卿。景天因受不了被雪见“瞧不起”，发奋图强，最后重楼居然不敌景天，被击中要害受伤，景天狂喜。夕瑶也终于明白景天已不是昔日的飞蓬，她叮嘱景天去找回另一半的玉配，因为拥有的人注定是雪见的真命天子。随后，景天匆匆至找长卿，长卿已得知事情的真相，一旦盒子毁了，他的师傅们也便灭忙了。他指责景天一直隐瞒他，邪剑仙吸取了长卿的怒气，化为实形之物，天地变色！长卿混乱之际，跌入重楼的镜房，撞见重楼和紫萱在热吻！景天和雪见从天而降，与众人团聚，众人决定先回蜀山从长计议。长卿灌酒，幕幕往事上心头。他十分痛苦，喝酒根本解除不了心中之痛。邪剑仙一直跟着长卿，说服长卿加入自己行列。景天等人则正在赶回蜀山的路上，景天独自暗中模彷长卿等作法吟咒，想召唤大自然力量去保护长卿。仙船终于飞回，茂山指出原来不知不觉众人离去已达一年。众人到达蜀山，守一和守忠送景天前往无极阁，景天交出四颗灵珠。守一和守忠二人不禁担心，问起长卿的下落。长卿在街上漫无目的地游走，邪剑仙仍然在街的尽头，十分享受众人所生出的邪念。