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秦慕华开车把刘钊送去国民党密电研究所，门口的守卫不许军统的人进去，只放刘钊一个人入内，刘钊一进办公室就认出威廉，他们在美国的时候曾经共过事，威廉正被日军的新密码搞得焦头烂额，拜托刘钊帮忙破解。
刘钊发现窗帘拉的严严实实，威廉害怕日军偷袭研究所，刘钊拉开窗户透透气，指出威廉破译的办法太笨，日军的紫色密码是利用恩尼格玛机制成的，即使所有人都一起帮忙计算，一万年也破解不出来，刘钊拿出一份恩尼格玛机的结构图，还让威廉准备一台日军的密码机，还要把办公室的人全部撵出去，他要安静的环境，威廉让助手一一照办。
威廉下班回家，看到家门口贴满了打倒日本狗的标语，他的心情很郁闷，知道这些标语都是冲着妻子园子而来。徐耀光拿着拘捕令闯进芦轩抓杨秋怡，秦慕华拦住他们，徐耀光拿出中统的拘捕令说事，秦慕华拔出双枪对准他，周冠玉闻讯赶来阻止秦慕华，把徐耀光请到办公室。
徐耀光一口咬定杨秋怡私自放走了共党分子任筱堂，坚持要把她抓走，周冠玉反复讲明已经把杨秋怡隔离审查，而且她不是国民党，不归徐耀光的党务部管，周冠玉还拿出戴笠的亲笔授命书，让他全权处理杨秋怡，徐耀光也只好作罢。
周冠玉担心杨秋怡有心里负担，就来禁闭室看她，杨秋怡苦思冥想好几天，觉得任筱堂没有做出有损国民党的事，而且现在国共合作，不能因为党派和信仰不同排斥他，周冠玉也无能为力，他对任筱堂没有成见，只是接受不了他的欺骗，周冠玉结束对杨秋怡的审查把她放出来。
电瓷厂表面上看去是一家普普通通的工厂，其实这里是国民党的军电研究所，也是中统和军统的必争之地，蒋介石责令卫戍司令部派兵保卫电瓷厂，大岛派兵假扮孔祥熙的部下在沿线排查走私车辆，把前来执行保卫任务的军车扣下，把官兵全部打死，冒充他们去执行保卫任务，想把军电研究所一举捣毁。
老温眼看着杨秋怡被停职审查，他担心早晚有一天会整到自己头上，想一走了之，宋展鹏不但不挽留，还强行把他赶走。杨秋怡到咖啡厅散心，不由地想起和任筱堂在一起的一幕一幕，她的心里五味杂陈，一个男人主动上前和她搭讪，杨秋怡置之不理，她刚出门就被日特跟踪伏击，多亏任筱堂及时赶来解围，杨秋怡回想在咖啡馆的一幕，才意识到搭讪的人也是日特，只是没想到任筱堂会来重庆，任筱堂说明来此执行任务。
周冠玉突然接到4号特工的密保，得知前去执行保卫任务的卫戍司令部的兵被袭击，无一生还，周冠玉立刻意识到问题的严重性，派宋展鹏和秦慕华连夜赶往军电研究所。威廉不顾妻子反对，执意来军电研究所加班，刘钊也不领情，他仔细翻看了之前的会议记录，觉得很奇怪，他们一致被日军妻子拿着鼻子走，刘钊向威廉详细了解了参与破译日军密电码的人员，威廉承认妻子园子也参与了。
日军闯进军电研究所，疯狂枪杀这里的守卫和工作人员，刘钊和威廉赶忙收拾重要文件和图纸，把不能带走原地销毁，小江掩护他们撤走，刘钊的文件包不小心掉到楼下，发现小江被乱枪打死，威廉强行把刘钊带走。宋展鹏和秦慕华半路遭遇日特的伏击，他们冒着枪林弹雨来到军电研究所的时候，日军已经撤离，威廉和刘钊安全撤走，其他人员全部牺牲，里面的文件和资料全部被毁。
宋展鹏让匆匆赶来的卫戍司令部的战士们搜寻刘钊和威廉的下落，威廉和刘钊一口气跑进树林，他们刚刚坐下来，日军随后追来，对树林进行严密搜查。