共30集
惊天阴谋是潘军“谍战三部曲”的第三部（第一部《五号特工组》第二部《海狼行动》）本剧根据主要历史事实虚构而成。其中主要事件，如“唐绍仪计划”、“蓝色计划”、“汪精卫投敌”、“河内刺杀汪精卫”、“滇军通电全国”等，都有据可查。这种在广阔历史背景下进行艺术虚构，是作家潘军的一贯风格，使作品厚实凝重。与前两部最大的不同，作者减少了枪战场面，进一步增加了悬疑和惊险，故事一波三折，人物关系复杂而又形象鲜明。剧作开掘了战争和人性的深度，为目前作品所罕见。1938年秋，在“武汉会战”进行之际，日本驻华特务总机关长土肥原贤二亲自制订了一份《唐绍仪工作计划》。这个计划的核心内容，就是在中国的日占区尽快扶持一个伪中央政权，以达到“以华制华”的罪恶目的。滞留上海的唐绍仪是国民政府第一任内阁总理，可谓举足重轻的人物。此时的蒋介石也担心唐绍仪为日本人利用，特命戴笠派专人赴上海送去自己的亲笔信，并将其接回重庆。这个特殊的信使叫凌沛东，他是唐绍仪的养子。凌沛东的父亲曾经是唐绍仪的副官，当年为营救唐牺牲。而中共地下组织也担心唐绍仪的安全，为其挑选了一名精干的保镖孙一樵。没想到的是，凌、孙二人却共同爱着一个女人，她就是《远东日报》的女记者梅岚。凌沛东一到上海，就负伤落到了日军的手里。接着，一个意想不到的事情发生了，土肥原发现，被俘的凌沛东与自己的一个学生中岛健形象酷似，形同孪生！于是，一个巨大的阴谋开始在他脑海中酝酿而成。那就是让中岛健冒充凌沛东打进唐公馆，从此充当唐绍仪的养子，即在未来的中国政府首脑人物身边，安插了一个永远难以发现的眼线，以控制唐绍仪的一举一动。经过仿造凌沛东手臂上的梅花刺青手术，中岛健很快就变成了一个让大家信任的凌沛东。而参与这次手术的人，一夜之间全都遭到了灭口，这其中就包括刺青手术的执行者王安娜大夫。
再次登门的音乐教师上官婉玉，秘密地向凌沛东传达了土肥原“借刀杀人”的计策，要凌沛东想办法把唐绍仪调出门去，以便好让军统的人下手。
自从上次遇险，孙一樵就希望唐绍仪近期不要随便出门。可是，这个唐绍仪是个古董迷，在家闲了一阵子，还是呆不住。这天，他接到了一家老字号古董店的电话，说新到了几样好东西，包括一只“宣德炉”。果然，唐绍仪一下就动心了。这个细节引起了凌沛东的关注，他及时告诉了上官婉玉。后者离开唐公馆之后，就利用线人通知军统的王澍去了郊外的一座教堂做祷告。
在那里，一个看不见的“神甫”对王澍吐露了唐绍仪的行踪。这个“神甫”就是上官婉玉。当天下午，固执的唐绍仪果然出门了。无奈之下，孙一樵只好陪同前往，但他同时让管家陈叔也一并上了车。他们一出门，就受到了军统的监视，王澍再次布置伏击，而这一次他让所有的人都不许离开，眼看曹汉是无法报警了，一切只能凭借着孙一樵的随机应变。
孙一樵果然厉害。车一出门，他就在途中让唐绍仪换上了管家的服装，并临时改乘了另外的车。果然，军统的人被吸引过去，他们跟踪管家那辆车而去了，等管家下车，王澍才惊呼上当了，曹汉这才松了一口气。但是孙一樵万万没有想到，自己的行踪没有骗过暗中潜伏的凌沛东的视线。原来他们一出门，凌沛东就从后窗溜了出去，按照计划他去了一个途中的阁楼。在那里，上官婉玉已经提前给他准备好了狙击步枪。只要此次行动成功，那么自然就嫁祸于军统，同时，他也渴望着早点做回原来的中岛健。
凌沛东潜伏在对面的阁楼上，阻击步枪就瞄准着唐绍仪。只要此人一露面，必定一枪毙命。就在这危急关头，孙一樵发现了对面的一个光点，意识到这是狙击步枪的瞄准镜，他一下将唐绍仪扑倒在地，一个过路行乞的乞丐却被当场打死了。孙一樵带着唐绍仪脱离了现场，他再次怀疑起凌沛东，便赶回唐公馆，但是凌沛东已经先他们一步赶回了，正躺在床上看书。
得知养父再次遭到暗算，凌沛东表现得异常愤怒，同时也对孙一樵表示了感谢。后者只说，这是我的职责。这一天里，两个暗中的对手都十分沮丧。而连续两次的暗算，也让唐绍仪对重庆方面心灰意冷。他当即提笔给香港的杜月笙写信，表示自己近期将赴港，和自己的家人团聚。