共30集
惊天阴谋是潘军“谍战三部曲”的第三部（第一部《五号特工组》第二部《海狼行动》）本剧根据主要历史事实虚构而成。其中主要事件，如“唐绍仪计划”、“蓝色计划”、“汪精卫投敌”、“河内刺杀汪精卫”、“滇军通电全国”等，都有据可查。这种在广阔历史背景下进行艺术虚构，是作家潘军的一贯风格，使作品厚实凝重。与前两部最大的不同，作者减少了枪战场面，进一步增加了悬疑和惊险，故事一波三折，人物关系复杂而又形象鲜明。剧作开掘了战争和人性的深度，为目前作品所罕见。1938年秋，在“武汉会战”进行之际，日本驻华特务总机关长土肥原贤二亲自制订了一份《唐绍仪工作计划》。这个计划的核心内容，就是在中国的日占区尽快扶持一个伪中央政权，以达到“以华制华”的罪恶目的。滞留上海的唐绍仪是国民政府第一任内阁总理，可谓举足重轻的人物。此时的蒋介石也担心唐绍仪为日本人利用，特命戴笠派专人赴上海送去自己的亲笔信，并将其接回重庆。这个特殊的信使叫凌沛东，他是唐绍仪的养子。凌沛东的父亲曾经是唐绍仪的副官，当年为营救唐牺牲。而中共地下组织也担心唐绍仪的安全，为其挑选了一名精干的保镖孙一樵。没想到的是，凌、孙二人却共同爱着一个女人，她就是《远东日报》的女记者梅岚。凌沛东一到上海，就负伤落到了日军的手里。接着，一个意想不到的事情发生了，土肥原发现，被俘的凌沛东与自己的一个学生中岛健形象酷似，形同孪生！于是，一个巨大的阴谋开始在他脑海中酝酿而成。那就是让中岛健冒充凌沛东打进唐公馆，从此充当唐绍仪的养子，即在未来的中国政府首脑人物身边，安插了一个永远难以发现的眼线，以控制唐绍仪的一举一动。经过仿造凌沛东手臂上的梅花刺青手术，中岛健很快就变成了一个让大家信任的凌沛东。而参与这次手术的人，一夜之间全都遭到了灭口，这其中就包括刺青手术的执行者王安娜大夫。
凌沛东和上官婉玉乘军用飞机连夜返回了重庆。
他又去了那家钟表店，拿到了特制的武器，然后立即就把那个德国老板杀了，尸体藏进了木箱子里。他已经选择好了对蒋介石行刺的地点，那就是市区的一座教堂。他混进了教堂，藏好了武器。没想到自己刚从教堂出来，就遇见了孙一樵。他似乎有点慌张，说自己刚从昆明回来。后者只说去码头接一个朋友。
孙一樵去码头接的人就是梅岚，这次一道来的，还有管家和“水耗子”刘淼。一见面，大家似乎都明白了，事情已经到了关键的时刻。
凌沛东回到了家中洗了个澡，出来换衬衣的时候，正巧碰上凌沛瑶回来。她意外地发现了一个令人震惊的事实——哥哥背上的刺青褪色了，几乎没有。她大为震惊，几乎吓得说不出话来。趁着凌沛东换衣服，凌沛瑶立即跑出了家门。凌沛东一看凌沛瑶转眼就不见了，意识到什么地方出了问题。他对着镜子一照，发现身上的刺青没有了！他这才想起这是一年前做手术的那个王安娜从中做了手脚。
高荫槐的险些被刺，让曹汉再次联想到了凌沛东的可疑。他也追到了重庆。于是，故事中的几个人都在重庆会合了，大家把情况一碰，这才意识到这个凌沛东可能是个冒名顶替的家伙。特别是“水耗子”从口袋里掏出了一张报纸，那上面印着瑞士某种手表的广告。孙一樵一看，忽然觉得眼熟，原来，他在来上海的火车上就同这个所谓的凌沛东相遇了。但是管家还是坚持说，凌少爷手臂上的那块梅花刺青不会错。正说着，电话响了，孙一樵去接，传来的是凌沛瑶惊恐的求救声。凌沛瑶说有紧急的事情要说。孙一樵让凌沛瑶就呆在电话亭里，等着自己开车来接。凌沛瑶说你要快呀！
孙一樵一路加紧开车，知道凌沛瑶遇到了危险。可是，当他看见电话亭里的凌沛瑶时，心里才松了口气。电话亭里的凌沛瑶看见了远处的孙一樵，连忙跑了出来，就在这时，一辆大卡车闯来，将柔弱的凌沛瑶当场撞倒，碾了过去。孙一樵完全惊呆了，他开枪射击，终于击毙了那个司机——原来，她就是那个“音乐教师”上官婉玉。
但是，凌沛瑶已经是奄奄一息了，临死前，只说了一句话：他不是我的哥哥，刺青没有了……
曹汉和梅岚都赶到了医院。这时，凌沛瑶已经去世了。面对这个无辜死去的姑娘，大家悲痛不已，发誓一定要找到那只披着羊皮的狼。
曹汉回想起妻子，这才知道原来当初日特的阴谋真相，而正是妻子用如此机智的手法，揭露了这个阴谋。