共30集
惊天阴谋是潘军“谍战三部曲”的第三部（第一部《五号特工组》第二部《海狼行动》）本剧根据主要历史事实虚构而成。其中主要事件，如“唐绍仪计划”、“蓝色计划”、“汪精卫投敌”、“河内刺杀汪精卫”、“滇军通电全国”等，都有据可查。这种在广阔历史背景下进行艺术虚构，是作家潘军的一贯风格，使作品厚实凝重。与前两部最大的不同，作者减少了枪战场面，进一步增加了悬疑和惊险，故事一波三折，人物关系复杂而又形象鲜明。剧作开掘了战争和人性的深度，为目前作品所罕见。1938年秋，在“武汉会战”进行之际，日本驻华特务总机关长土肥原贤二亲自制订了一份《唐绍仪工作计划》。这个计划的核心内容，就是在中国的日占区尽快扶持一个伪中央政权，以达到“以华制华”的罪恶目的。滞留上海的唐绍仪是国民政府第一任内阁总理，可谓举足重轻的人物。此时的蒋介石也担心唐绍仪为日本人利用，特命戴笠派专人赴上海送去自己的亲笔信，并将其接回重庆。这个特殊的信使叫凌沛东，他是唐绍仪的养子。凌沛东的父亲曾经是唐绍仪的副官，当年为营救唐牺牲。而中共地下组织也担心唐绍仪的安全，为其挑选了一名精干的保镖孙一樵。没想到的是，凌、孙二人却共同爱着一个女人，她就是《远东日报》的女记者梅岚。凌沛东一到上海，就负伤落到了日军的手里。接着，一个意想不到的事情发生了，土肥原发现，被俘的凌沛东与自己的一个学生中岛健形象酷似，形同孪生！于是，一个巨大的阴谋开始在他脑海中酝酿而成。那就是让中岛健冒充凌沛东打进唐公馆，从此充当唐绍仪的养子，即在未来的中国政府首脑人物身边，安插了一个永远难以发现的眼线，以控制唐绍仪的一举一动。经过仿造凌沛东手臂上的梅花刺青手术，中岛健很快就变成了一个让大家信任的凌沛东。而参与这次手术的人，一夜之间全都遭到了灭口，这其中就包括刺青手术的执行者王安娜大夫。
正是因为梅以轩这最后的举动，提醒了孙一樵，他想到凶手肯定是掌握了梅以轩的行踪才在提前在蛋糕店设伏行刺的。于是，在把梅以轩送到医院之后，他立即赶到了梅以轩的办公室。果然，凶手中岛健正在将话筒里的窃听器取出，以消除痕迹。孙一樵用枪抵上了这个蒙面人的脑袋。
两人经过一番搏斗，最后，中岛健还是跳窗逃了，但他的右臂中了孙一樵一枪。孙一樵拿到了那只窃听器，把它交给了梅岚。从悲痛中抬起头来的梅岚，发誓一定要追查到底。
第二天梅岚来到父亲的办公室，告诉前来办案的租界巡捕房，在父亲的保险柜里，存放着刺杀王安娜的那枚弹壳。警方当即打开保险柜，里面的弹壳已经没有了！显然，还是中岛健提前将它拿走了。围绕这些案件的证据几乎全部消失了。
杀了梅以轩之后，中岛健又回到了自己的秘密据点。他自己做了手术，取出了右臂的那颗子弹，但是，这一枪却毁坏了那枝梅花刺青。王安娜已经除掉，修复已经不可能。中岛健心中郁闷，一拳击碎了镜子。他的内心并非想做一个凌沛东，而是要做回中岛健。但是，他同样别无选择。
连连出事，也让土肥原不得安宁，他担心夜长梦多。所以，自从王安娜死后，他就安排中岛健以“中村大夫”的身份经常接触凌沛东，想借以观察其言行、嗜好、习惯。没想到，凌沛东已经从侧面知道了这个“中村大夫”的来路，便在准备伺机逃亡。这天晚上，当“中村大夫”又来查房时，凌沛东抡起花瓶，将其击昏，然后剥下他的白大褂。当他摘下口罩时，自己吃了一惊，面前这个被打昏过去的“中村大夫”竟然和自己的相貌一样！此时他明白了这是一个阴谋，便连忙逃离。但是，就在他即将迈出陆军医院大门时，后面的枪响了——凌沛东倒在了血泊中。杀他的人还是从昏迷中醒来的中岛健。然后，他也翻墙逃离了医院。
当夜，遵照土肥原的指示，“凌沛东”回家了（为了叙述方便，以后我们一律称其为凌沛东）。他的归来使以前的种种疑虑顷刻打消。凌沛东撕开自己的西装，取出了那封蒋介石的手谕，交给了唐绍仪。后者读过这封“手谕”，不禁大发雷霆，说老蒋软硬兼施，不怀好意。其实，这所谓的“手谕”早就替换了。真正的手谕，蒋介石的语气相当谦逊，诚请唐绍仪赴重庆共商国是，现在却成了“何去何从，三思而行”。土肥原的离间计初见成效。
凌沛东回来了，令孙一樵内心痛苦。他去了曹汉那里，借酒倾诉了自己压抑已久的情感。而在梅岚的内心，同样是充满着矛盾，她深爱着孙一樵，但是面对凌沛东的劫后余生，她也不能不无动于衷。况且，丧父的悲痛还在心头。梅岚去唐公馆看望了凌沛东。面前这个男人虽然形象一样，但在气息上却不尽相同，这一点让梅岚有些意外。
第二天，土肥原就登门要人了。唐绍仪故作不知，土肥原心中得意，两人似乎很客气地周旋了一番，最后，唐绍仪还是亲自将土肥原送出了门。这个情形，又被军统的暗中监视人员王澍看见，立即电告了戴笠。重庆的这个戴老板担心唐绍仪已经和日本人达成了默契，同时又害怕此事惹出大祸而引起老蒋追究，便想先斩后奏，当夜便擅自下达了刺杀唐绍仪的密令。