共30集
惊天阴谋是潘军“谍战三部曲”的第三部（第一部《五号特工组》第二部《海狼行动》）本剧根据主要历史事实虚构而成。其中主要事件，如“唐绍仪计划”、“蓝色计划”、“汪精卫投敌”、“河内刺杀汪精卫”、“滇军通电全国”等，都有据可查。这种在广阔历史背景下进行艺术虚构，是作家潘军的一贯风格，使作品厚实凝重。与前两部最大的不同，作者减少了枪战场面，进一步增加了悬疑和惊险，故事一波三折，人物关系复杂而又形象鲜明。剧作开掘了战争和人性的深度，为目前作品所罕见。1938年秋，在“武汉会战”进行之际，日本驻华特务总机关长土肥原贤二亲自制订了一份《唐绍仪工作计划》。这个计划的核心内容，就是在中国的日占区尽快扶持一个伪中央政权，以达到“以华制华”的罪恶目的。滞留上海的唐绍仪是国民政府第一任内阁总理，可谓举足重轻的人物。此时的蒋介石也担心唐绍仪为日本人利用，特命戴笠派专人赴上海送去自己的亲笔信，并将其接回重庆。这个特殊的信使叫凌沛东，他是唐绍仪的养子。凌沛东的父亲曾经是唐绍仪的副官，当年为营救唐牺牲。而中共地下组织也担心唐绍仪的安全，为其挑选了一名精干的保镖孙一樵。没想到的是，凌、孙二人却共同爱着一个女人，她就是《远东日报》的女记者梅岚。凌沛东一到上海，就负伤落到了日军的手里。接着，一个意想不到的事情发生了，土肥原发现，被俘的凌沛东与自己的一个学生中岛健形象酷似，形同孪生！于是，一个巨大的阴谋开始在他脑海中酝酿而成。那就是让中岛健冒充凌沛东打进唐公馆，从此充当唐绍仪的养子，即在未来的中国政府首脑人物身边，安插了一个永远难以发现的眼线，以控制唐绍仪的一举一动。经过仿造凌沛东手臂上的梅花刺青手术，中岛健很快就变成了一个让大家信任的凌沛东。而参与这次手术的人，一夜之间全都遭到了灭口，这其中就包括刺青手术的执行者王安娜大夫。
梅岚出院回到了家中。凌家兄妹再次建议她搬到唐公馆，但是梅岚没有同意。在清理用品时，凌沛东无意中发现了那只当初梅以轩留下血迹的蛋糕盒，不禁内心深感罪恶和内疚。这一天，正好是梅以轩被害的周年忌日。后来，孙一樵来了，如今他们都成了没有父亲的人，同病相怜。梅岚谈起医院里遇见上官婉玉的事情，又让孙一樵顿时警觉了起来。可是一想到那天晚上凌沛东的输血，孙一樵的思绪再次终止了。
几天后，孙一樵在约定地点见到了秦月容。后者告诉孙一樵，说自己有一个仇人，欠下了血债，希望他能帮忙剪除。孙一樵说，我这个人从来不替别人报仇。秦月容说，我不是要你报仇，而是为国家除害。说着，秦月容就交给了孙一樵一个信封，那里面装着的正是曹汉的照片。这让孙一樵十分震惊！他怎么也想不出曹汉是国家的敌人！
孙一樵回到了“水耗子”，见到曹汉，显得很不自然。这个晚上，后来两个男人一起喝酒，谈心。谈着谈着，两个人都不免感伤起来。曹汉在怀念妻子和许先生，孙一樵在想着遇害的父亲。直到此时，孙一樵才把心中的痛苦说了出来。他说，自己这辈子杀了不少坏人，但最要杀的人却还没有找到。曹汉问那个人是谁？孙一樵这才说出父亲遇害的事情，他说，他最想杀的就是杀害他父亲的凶手。曹汉从来就没听说起过这件事，就问：怎么，你父亲也被杀害了？
孙一樵心中烦闷，一脸是汗，就把上次“水耗子”从曹汉家中偷来的那把折扇找了出来，打开一看——正是当初许先生使用的那把。孙一樵大为惊讶，回头问：这把扇子怎么会在你这里？这是我父亲的！
此言一出，曹汉如雷轰顶，原来面前这个孙一樵竟然就是许先生的儿子！他联想起一系列的经历，联想到上次在重庆的墓地遇见孙一樵，豁然开朗。但是此刻，他什么也说不清楚了。他只说，这把扇子是你父亲对我的交代。接着，孙一樵又从“水耗子”那里找到一副少了一块镜片的墨镜——他掏出自己在父亲遇害现场的那只镜片一比对，正好合适。他自己也傻了，想不到自己追寻多时的凶手竟然就在面前。他一下就拔出了枪，对准了曹汉！