共30集
惊天阴谋是潘军“谍战三部曲”的第三部（第一部《五号特工组》第二部《海狼行动》）本剧根据主要历史事实虚构而成。其中主要事件，如“唐绍仪计划”、“蓝色计划”、“汪精卫投敌”、“河内刺杀汪精卫”、“滇军通电全国”等，都有据可查。这种在广阔历史背景下进行艺术虚构，是作家潘军的一贯风格，使作品厚实凝重。与前两部最大的不同，作者减少了枪战场面，进一步增加了悬疑和惊险，故事一波三折，人物关系复杂而又形象鲜明。剧作开掘了战争和人性的深度，为目前作品所罕见。1938年秋，在“武汉会战”进行之际，日本驻华特务总机关长土肥原贤二亲自制订了一份《唐绍仪工作计划》。这个计划的核心内容，就是在中国的日占区尽快扶持一个伪中央政权，以达到“以华制华”的罪恶目的。滞留上海的唐绍仪是国民政府第一任内阁总理，可谓举足重轻的人物。此时的蒋介石也担心唐绍仪为日本人利用，特命戴笠派专人赴上海送去自己的亲笔信，并将其接回重庆。这个特殊的信使叫凌沛东，他是唐绍仪的养子。凌沛东的父亲曾经是唐绍仪的副官，当年为营救唐牺牲。而中共地下组织也担心唐绍仪的安全，为其挑选了一名精干的保镖孙一樵。没想到的是，凌、孙二人却共同爱着一个女人，她就是《远东日报》的女记者梅岚。凌沛东一到上海，就负伤落到了日军的手里。接着，一个意想不到的事情发生了，土肥原发现，被俘的凌沛东与自己的一个学生中岛健形象酷似，形同孪生！于是，一个巨大的阴谋开始在他脑海中酝酿而成。那就是让中岛健冒充凌沛东打进唐公馆，从此充当唐绍仪的养子，即在未来的中国政府首脑人物身边，安插了一个永远难以发现的眼线，以控制唐绍仪的一举一动。经过仿造凌沛东手臂上的梅花刺青手术，中岛健很快就变成了一个让大家信任的凌沛东。而参与这次手术的人，一夜之间全都遭到了灭口，这其中就包括刺青手术的执行者王安娜大夫。
上官婉玉很快就把凌沛东的密信交给了土肥原。唐绍仪如此强硬的态度，让土肥原大失所望。眼看他苦心经营的“唐工作”就要失败，但这个时候，来自重庆的日特密电到了，向土肥原透露了一个消息——汪精卫有亲日信号。土肥原又开始新的计划。土肥原在分析最近来自重庆方面的情报之后，已经察觉到汪精卫与蒋介石之间矛盾在日益激化，而且，汪的价值似乎比眼下这个唐绍仪更高。于是，他便更换了一下思路，既然眼下军统要取唐绍仪的性命，何不顺水推舟呢？土肥原想借刀杀人，同时敲山震虎，助军统杀掉唐绍仪，逼汪精卫就范。这一着棋，可谓用心险恶。
这天，孙一樵无意中看见了凌沛东身上的那枝梅花刺青，中间断了一截，便联想起那次去陆军医院探视时，刺青还是好的，便觉得有些奇怪。自从凌沛东回来，他对这个人始终保持着怀疑，但他的怀疑还仅限于此人是否变节投敌。孙一樵正打算离开，凌沛东却叫住了他，这次他主动提到了一个话题，就是他们共同爱着的一个女人——梅岚。凌沛东表现得很大度，说自己如果战死沙场或者被日军秘密处决就好了，这样也就成全他们。这一说，孙一樵反倒有些内疚，对凌沛东的怀疑也开始打消了。两人正谈着，梅岚来了。
这次梅岚是来找孙一樵的，原来她一直就没有停止案件的调查。她刚得到了一个线索，就是父亲出事的那天，曾经和欧文大夫有过电话联系，两人约好下午四点在星光咖啡馆门前见面，接着就被一辆卡车撞死了。最近，她找到了那个卡车司机，司机说这辆车是被一个男人花高价钱临时租用的。梅岚知道孙一樵有根据当事人口述描绘形象的能力，就约孙一樵晚上一起去会会那个司机，进一步查明谁是花钱租车的人。但是他们的谈话，还是被暗中的凌沛东偷听去了。他很是紧张，自己又无法出门，电话也不好使用。就在他焦急之际，他听见了妹妹的房间里传来了小提琴声，顿时眼前一亮。
于是，当天晚上，梅岚和孙一樵来找那个司机时，推开门便大吃了一惊，那司机已经悬梁自尽了，桌子上留下一张遗书，说自己因为du博输光了家当，才不得不走上死路。但是，精明的孙一樵还是从绳结上发现，这仍然是一次谋杀，目的还是灭口。
原来，凌沛东在偷听到他们谈话之后，就去了妹妹房间，将其支开，把这个情况告诉了上官婉玉。后者在离开唐公馆之后就按图索骥找到了那个司机，趁其不备，先是用绳索将其勒死，再伪装出一个悬梁自尽的假现场。
线索再次中断，问题出在哪里？梅岚和孙一樵都一筹莫展。这天晚上，后来孙一樵又去见了曹汉，谈起这件事，都觉得困惑。因为这个晚上，他们一直提防的那个凌沛东根本就没有出门，他不可能成为凶手。他们真的不知该怀疑谁了。曹汉同时还提醒孙一樵，说军统对唐绍仪还没有收手，一定要格外警惕。