共30集
惊天阴谋是潘军“谍战三部曲”的第三部（第一部《五号特工组》第二部《海狼行动》）本剧根据主要历史事实虚构而成。其中主要事件，如“唐绍仪计划”、“蓝色计划”、“汪精卫投敌”、“河内刺杀汪精卫”、“滇军通电全国”等，都有据可查。这种在广阔历史背景下进行艺术虚构，是作家潘军的一贯风格，使作品厚实凝重。与前两部最大的不同，作者减少了枪战场面，进一步增加了悬疑和惊险，故事一波三折，人物关系复杂而又形象鲜明。剧作开掘了战争和人性的深度，为目前作品所罕见。1938年秋，在“武汉会战”进行之际，日本驻华特务总机关长土肥原贤二亲自制订了一份《唐绍仪工作计划》。这个计划的核心内容，就是在中国的日占区尽快扶持一个伪中央政权，以达到“以华制华”的罪恶目的。滞留上海的唐绍仪是国民政府第一任内阁总理，可谓举足重轻的人物。此时的蒋介石也担心唐绍仪为日本人利用，特命戴笠派专人赴上海送去自己的亲笔信，并将其接回重庆。这个特殊的信使叫凌沛东，他是唐绍仪的养子。凌沛东的父亲曾经是唐绍仪的副官，当年为营救唐牺牲。而中共地下组织也担心唐绍仪的安全，为其挑选了一名精干的保镖孙一樵。没想到的是，凌、孙二人却共同爱着一个女人，她就是《远东日报》的女记者梅岚。凌沛东一到上海，就负伤落到了日军的手里。接着，一个意想不到的事情发生了，土肥原发现，被俘的凌沛东与自己的一个学生中岛健形象酷似，形同孪生！于是，一个巨大的阴谋开始在他脑海中酝酿而成。那就是让中岛健冒充凌沛东打进唐公馆，从此充当唐绍仪的养子，即在未来的中国政府首脑人物身边，安插了一个永远难以发现的眼线，以控制唐绍仪的一举一动。经过仿造凌沛东手臂上的梅花刺青手术，中岛健很快就变成了一个让大家信任的凌沛东。而参与这次手术的人，一夜之间全都遭到了灭口，这其中就包括刺青手术的执行者王安娜大夫。
孙一樵进门就觉得奇怪，问怎么了？凌沛东连忙掩饰着说，妹妹有点想你了，我正劝她呢。你来得正好。
说完，趁着孙一樵去厨房洗脸，他开始央求起“妹妹”，希望不要把她见到的事情说出去，给哥哥留个面子。无奈之下，凌沛瑶也只好答应了。按照曹汉的部署，孙一樵在这里暂时住下了。这使凌沛东失去了下手的可能性。于是他谎称自己马上就要去昆明归队，他想去打点一下行李，就离开了。
凌沛东离开之后，孙一樵觉得奇怪的是，怎么连梅岚的情况也不过问一下呢？这像是恋人吗？他把自己的感觉告诉了凌沛瑶，后者叹息道：我哥哥变了，越来越不像以前那个哥哥了。这一说，孙一樵对凌沛东的怀疑加重了。他接着问下去，但凌沛瑶却不想再说什么。
凌沛东电话约出了上官婉玉，一是问上海是何指示？上官婉玉拿出了回电，那上面写着两条命令。其一，如果不能顺利策动兵变，可以把情报泄露给戴笠，再次借刀杀人。其二，抓住机会刺杀蒋介石。接着，上官婉玉交给了凌沛东一个地址，说需要的东西可以按这个地址去找，等东西到手了，把一切收拾干净。而凌沛东则把自己家中的情况说了，他们的秘密接头已经被凌沛瑶发觉，而且现在那个孙一樵也回来了，自己随时有可能暴露。上官婉玉说，这事交给我了。她显然是要尽快除掉凌沛瑶。
上海这边，梅岚的调查也有了新的进展。她找到了那个曾经在日军陆军医院当过清洁工的女人。那女人回忆了那天晚上发生的一件奇怪的事情，她明明看见一个男人在医院门口中枪倒下死了，结果很快这个人又从围墙上翻下来跑走了。梅岚一算时间，这恰恰就是凌沛东回家的那天，她一下意识到了，自己对冒名顶替的怀疑是对的！而此时那个假的凌沛东却还在中国军队的最高指挥机构活动着……
一天，“水耗子”从街上的一张报纸上看见了一张手表广告，一下就想起来了，那天夜里他摸进王安娜家，那个蒙面人戴的就是这支手表。他立即跑来找到了梅岚。于是两人决定，找到重庆。
按照上官婉玉提供的地址，凌沛东去了一家钟表店，那是一个德国人拉姆斯开的。其实此人也是被日特收买的间谍分子。凌沛东对上了暗号，把自己要的东西说了：一只可以折叠的阻击步枪，五发渗有水银的子弹。拉姆斯表示可以制作，问几天交货？凌沛东说：三天，必须交货。