共30集
惊天阴谋是潘军“谍战三部曲”的第三部（第一部《五号特工组》第二部《海狼行动》）本剧根据主要历史事实虚构而成。其中主要事件，如“唐绍仪计划”、“蓝色计划”、“汪精卫投敌”、“河内刺杀汪精卫”、“滇军通电全国”等，都有据可查。这种在广阔历史背景下进行艺术虚构，是作家潘军的一贯风格，使作品厚实凝重。与前两部最大的不同，作者减少了枪战场面，进一步增加了悬疑和惊险，故事一波三折，人物关系复杂而又形象鲜明。剧作开掘了战争和人性的深度，为目前作品所罕见。1938年秋，在“武汉会战”进行之际，日本驻华特务总机关长土肥原贤二亲自制订了一份《唐绍仪工作计划》。这个计划的核心内容，就是在中国的日占区尽快扶持一个伪中央政权，以达到“以华制华”的罪恶目的。滞留上海的唐绍仪是国民政府第一任内阁总理，可谓举足重轻的人物。此时的蒋介石也担心唐绍仪为日本人利用，特命戴笠派专人赴上海送去自己的亲笔信，并将其接回重庆。这个特殊的信使叫凌沛东，他是唐绍仪的养子。凌沛东的父亲曾经是唐绍仪的副官，当年为营救唐牺牲。而中共地下组织也担心唐绍仪的安全，为其挑选了一名精干的保镖孙一樵。没想到的是，凌、孙二人却共同爱着一个女人，她就是《远东日报》的女记者梅岚。凌沛东一到上海，就负伤落到了日军的手里。接着，一个意想不到的事情发生了，土肥原发现，被俘的凌沛东与自己的一个学生中岛健形象酷似，形同孪生！于是，一个巨大的阴谋开始在他脑海中酝酿而成。那就是让中岛健冒充凌沛东打进唐公馆，从此充当唐绍仪的养子，即在未来的中国政府首脑人物身边，安插了一个永远难以发现的眼线，以控制唐绍仪的一举一动。经过仿造凌沛东手臂上的梅花刺青手术，中岛健很快就变成了一个让大家信任的凌沛东。而参与这次手术的人，一夜之间全都遭到了灭口，这其中就包括刺青手术的执行者王安娜大夫。
凌沛东去了昆明，他见到了龙云，把汪精卫的亲笔信交给了他。同时，凌沛东又透露出戴笠的密令，让他监视龙云的活动。果然，龙云震怒不已，随即将前线指挥作战的第一团军副总司令高荫槐招回。这次，龙云直接下达了命令，要求把滇军撤回，这让高荫槐感到无比震惊！两人发生了激烈的争吵。隔壁的凌沛东听得十分清楚，他把这个情报透露给了上官婉玉，两人请示了土肥原，决定先除掉高荫槐这只拦路虎，并且由凌沛东在军官中制造混乱。
这时，曹汉陪同秦月容也到了昆明，他们要找的人就是高荫槐。高和秦是老熟人，这样的时候相见，显然别有一番滋味。秦月容从高荫槐那里了解到了龙云的投敌倾向，并晓以利害，希望高荫槐进行抵制，但是高荫槐却十分为难。从高荫槐那里出来，曹汉去见了自己的一个朋友和贵将军，他也是一名滇军的将领，和龙云的私交很深。他的情绪引起了曹汉的注意，原来，在滇军内部以和贵为首的一些军官倾向于效忠龙云的，他们正企图架空现在的指挥官高荫槐，将部队撤回昆明。而这位和贵将军，就是凌沛东以前的上司。
几天后的一个晚上，和贵等人再次秘密集会，凌沛东也参加了。在这次会议上，和贵让凌沛东介绍了目前的局势，说明汪精卫和龙长官是在进行和平救国，而蒋介石则是把滇军当枪使。因此，他决定戒除高荫槐将军的指挥权，并拿出了龙云的手谕。
此言一出，军官们一下傻了，会议难以进行下去，大家沉默着，这个时候凌沛东却站了起来，大义凛然地表示，现在该是行动的时候了，如果不保持滇军的种子的话，那么滇军就彻底完了，云南的老百姓也将得不到保护。他的话很有感染力。军官们又开始跃跃欲试。这时，一个姓李的军官站了起来，表示不同意这种极端的做法，这种行为是对高司令的大不敬，与德国军官密谋刺杀特勒毫无二样。要是军队乱了，高兴的是日本人。接着，这个军官又说：我已经知道了这个秘密，希望你们放弃计划，但我也会让你们放心。
说完，他拿出手枪，当场自杀了。这个情形的突然出现，改变了会议的气氛，和贵将军也举棋不定。
就在这时，高荫槐带人来到了会议地点。原来，曹汉把这一切告诉了高荫槐，并指出所谓龙云的手谕，完全就是伪造的。就在这时，窗外射来一枪，本来是瞄准高荫槐的，但和贵替他挡住了子弹，牺牲了。
这一枪，就是隐藏在窗外的上官婉玉射来的。当他们赶到现场时，这个女人早已经逃离了。而凌沛东也早就脱离了会场，不知去向。