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清朝咸丰年末（西元1860年），大清因长期以来的闭关锁国政策，国势已盛极而衰，西方各国凭藉船坚炮利，大举入侵中国。在这个动乱的时代，一段恩怨纠葛的爱恨情仇、揉合保家卫国的壮烈故事就此展开。台湾艋忠义堂武馆，世代相传，济弱扶倾，在地方上颇富威望。忠义堂大弟子魏永来，武艺超群但心胸狭隘、热衷名利，老馆主年事已高，因见永来心术不正，遂决定将馆主之位交由二弟子黄万里继任。永来不堪受辱，愤而叛离师门投效清廷，并扬言誓报此仇！某日永来重回艋，竟以谋逆罪名率朝廷大军攻打忠义堂，老馆主危急间遣散众弟子，自己则为永来所弑，忠义堂一夜被灭！万里赶回师门时，惊见师门被灭、师父身亡，而师弟们均下落不明，连仇家是谁亦不得而知！万里流浪全台四处探访案情，却始终音讯渺茫，心灰意冷之下，遂隐姓埋名，在鸡笼一富商徐老爷家做护院。徐老爷常年往返大陆福建经商，万里与徐家大小姐惠娘日久生情，两人珠胎暗结，生下一子。不料徐老爷返台得知真相后，大怒惠娘有辱门风，于是派人将万里杀死，并狠心将孙子放水流走！惠娘大受打击下变得浑浑噩噩，被徐老爷带回福建，从此不知所踪。原来当日万里被杀重伤未死，被艋林姓大户之女林阿雪所救，万里伤愈后感恩图报，遂娶阿雪为妻，并于艋重开忠义堂武馆，继承师门遗志，造福乡里.......
巡抚大人刘铭传为了法军犯台来台，并指明要忠义堂馆主黄万里，要永来让黄万里担任指挥使戴罪立功，成立民兵团。永来虽心中不愿但也不敢违抗，只好放了万里。巡抚大人刘铭传亲自接见万里，万里希望飞龙、友煌、明秀能成为他的助手，巡抚大人刘铭传答应将三人放出，于是所有弟子跟着万里回到被封的忠义堂，感慨万千。阿雪及飞虎也回来，万里、飞龙等人向阿雪道歉，请阿雪谅解，并指飞虎不孝，飞虎澄清自己没报官，但没人相信，飞虎懊恼。艳秋将飞龙等人被巡抚大人放出一事告诉惠娘，惠娘高兴，但永来仍是愤恨不平，惠娘无奈！ 万里为了让飞龙认自己母亲的惠娘，带着飞龙去求永来让飞龙能见惠娘，永来对万里一阵侮辱嘲笑后，答应让惠娘与飞龙见面，惠娘见到飞龙表示自己不认识飞龙，至于在刑场为他求情，只是因为自己很同情他对玉红的爱，更不愿自己丈夫刚到台湾就造孽，杀人，才让飞龙误会，自己不会再这么做了。飞龙与万里离去，惠娘伤心。