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清朝咸丰年末（西元1860年），大清因长期以来的闭关锁国政策，国势已盛极而衰，西方各国凭藉船坚炮利，大举入侵中国。在这个动乱的时代，一段恩怨纠葛的爱恨情仇、揉合保家卫国的壮烈故事就此展开。台湾艋忠义堂武馆，世代相传，济弱扶倾，在地方上颇富威望。忠义堂大弟子魏永来，武艺超群但心胸狭隘、热衷名利，老馆主年事已高，因见永来心术不正，遂决定将馆主之位交由二弟子黄万里继任。永来不堪受辱，愤而叛离师门投效清廷，并扬言誓报此仇！某日永来重回艋，竟以谋逆罪名率朝廷大军攻打忠义堂，老馆主危急间遣散众弟子，自己则为永来所弑，忠义堂一夜被灭！万里赶回师门时，惊见师门被灭、师父身亡，而师弟们均下落不明，连仇家是谁亦不得而知！万里流浪全台四处探访案情，却始终音讯渺茫，心灰意冷之下，遂隐姓埋名，在鸡笼一富商徐老爷家做护院。徐老爷常年往返大陆福建经商，万里与徐家大小姐惠娘日久生情，两人珠胎暗结，生下一子。不料徐老爷返台得知真相后，大怒惠娘有辱门风，于是派人将万里杀死，并狠心将孙子放水流走！惠娘大受打击下变得浑浑噩噩，被徐老爷带回福建，从此不知所踪。原来当日万里被杀重伤未死，被艋林姓大户之女林阿雪所救，万里伤愈后感恩图报，遂娶阿雪为妻，并于艋重开忠义堂武馆，继承师门遗志，造福乡里.......
万里交待飞龙处理、押运官银赈灾的事情，但飞龙为化解与飞虎间之误会，特别将这个立功的机会让给飞虎，但在押运过程中有土匪假扮官兵将官银掉包，飞虎中计，飞龙一肩扛下所有责任。忠义堂阿雪、友煌、明秀一干人等来到市场救万里，但被万里阻止，众人将昏迷不醒的万里抗回武馆，找大夫治疗。永来回到总兵府，特别炫耀的告诉惠娘万里被打得半死不活的事，惠娘伤心不已，为此两人又起冲突，飞虎与飞龙一同跪在万里的房外，等万里清醒。万里醒后对两兄弟和好感到欣慰。 友煌、明秀协助飞龙调查官银被劫案件，在路上遇到杜直和阿狗鬼鬼祟祟，心起怀疑。于是决定回去与万里商量再说。阿雪对官银被劫一事不谅解飞龙，飞虎为难。飞虎看不过去将实情告诉阿雪，被玉红无意间听到，来到忠义堂见飞龙。飞虎欲说出真相，被阿雪阻止，阿雪心生一计欲借刀杀人。原来飞虎掉的官银是被杜直、阿狗劫走。 万里带飞龙向永来及巡抚大人请罪，巡抚大人答应给万里及飞龙三天时间，将赈灾银找回，从轻发落。永来为难万里等人，决定出五十棍的处罚，万里为飞龙带罪。几经周折，恩怨终了，好人总是有好报，飞龙终于得到应有的幸福。