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清朝咸丰年末（西元1860年），大清因长期以来的闭关锁国政策，国势已盛极而衰，西方各国凭藉船坚炮利，大举入侵中国。在这个动乱的时代，一段恩怨纠葛的爱恨情仇、揉合保家卫国的壮烈故事就此展开。台湾艋忠义堂武馆，世代相传，济弱扶倾，在地方上颇富威望。忠义堂大弟子魏永来，武艺超群但心胸狭隘、热衷名利，老馆主年事已高，因见永来心术不正，遂决定将馆主之位交由二弟子黄万里继任。永来不堪受辱，愤而叛离师门投效清廷，并扬言誓报此仇！某日永来重回艋，竟以谋逆罪名率朝廷大军攻打忠义堂，老馆主危急间遣散众弟子，自己则为永来所弑，忠义堂一夜被灭！万里赶回师门时，惊见师门被灭、师父身亡，而师弟们均下落不明，连仇家是谁亦不得而知！万里流浪全台四处探访案情，却始终音讯渺茫，心灰意冷之下，遂隐姓埋名，在鸡笼一富商徐老爷家做护院。徐老爷常年往返大陆福建经商，万里与徐家大小姐惠娘日久生情，两人珠胎暗结，生下一子。不料徐老爷返台得知真相后，大怒惠娘有辱门风，于是派人将万里杀死，并狠心将孙子放水流走！惠娘大受打击下变得浑浑噩噩，被徐老爷带回福建，从此不知所踪。原来当日万里被杀重伤未死，被艋林姓大户之女林阿雪所救，万里伤愈后感恩图报，遂娶阿雪为妻，并于艋重开忠义堂武馆，继承师门遗志，造福乡里.......
玉红命天九去药铺替飞龙抓药，彩云为帮飞龙忙，也跟着前往。两人回到武馆煎药，飞虎撞见欲帮忙，被天九拒绝。但这时，躲在暗处的永来趁机将药材掉包，飞龙喝下药后，吐血再度陷入昏迷。万里发现药里有毒，怀疑彩云下毒，彩云道出煎药时有人来过，天九怀疑是飞虎动的手脚。万里前来找飞虎，在飞虎房里发现被掉包的药材，众人皆不原谅飞虎，艳秋担心飞虎，前来找他。飞虎无家可归，艳秋暂将他安顿在自己家里……