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清朝初年，天下始乱未定。扬州青楼女子之子韦小宝（黄晓明 饰）机敏狡黠，不学无术。他偶然救助江洋大盗茅十八，遂得以上京，更混入宫中成为老太监海大富身边的一名用来打探消息的“小太监”。宫中暗潮汹涌，斗争不断。小宝巧妙与各方势力周旋，凭借纯真与仗义取得康熙的信任，进而拿下居功自傲的元老大臣鳌拜（徐锦江 饰）从此成为康熙身边的红人。但鳌拜只是众多野心家中的一位，西南有吴三桂蠢蠢欲动、台湾有前朝的郑家势力寻找时机、北有俄罗斯罗刹国扩张疆土、辽东有神龙教兴风作浪。此外，小宝的师傅天地会总舵主陈近南（祝延平 饰）高举反清复明大旗，誓取康熙项上人头。小宝游刃有余、八面玲珑，不仅习得一身武功，还娶回七位美艳娇妻，在乱世之中书写着一个小人物的传奇…… 本片根据武侠小说家金庸的同名原著改编。
阿珂师姐阿琪带着蒙古王子葛尔丹一行人来少林寺挑衅，要少林寺交出阿珂，吴三桂手下的杨溢之认出了韦小宝是桂公公，替他圆场化解了矛盾。韦小宝以他的聪明才智，令葛尔等人知难而退，只好离去。张康年传圣旨来到，原来康熙命令韦小宝上清凉寺当主持，实则是从少林寺绕个圈，再带些人去保护顺治，这样不容易引人注目。 韦小宝到山下接到双儿一起前赴五台山清凉寺，五台山的清凉寺被数千名道士包围，目的是活捉行痴大师（顺治帝），小宝只好施行金蝉脱壳之计，假扮道士带行痴等人逃离清凉寺，半途碰到赶来微服出行的康熙。顺治经不起康熙的苦苦哀求，父子终于相认。