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清朝初年，天下始乱未定。扬州青楼女子之子韦小宝（黄晓明 饰）机敏狡黠，不学无术。他偶然救助江洋大盗茅十八，遂得以上京，更混入宫中成为老太监海大富身边的一名用来打探消息的“小太监”。宫中暗潮汹涌，斗争不断。小宝巧妙与各方势力周旋，凭借纯真与仗义取得康熙的信任，进而拿下居功自傲的元老大臣鳌拜（徐锦江 饰）从此成为康熙身边的红人。但鳌拜只是众多野心家中的一位，西南有吴三桂蠢蠢欲动、台湾有前朝的郑家势力寻找时机、北有俄罗斯罗刹国扩张疆土、辽东有神龙教兴风作浪。此外，小宝的师傅天地会总舵主陈近南（祝延平 饰）高举反清复明大旗，誓取康熙项上人头。小宝游刃有余、八面玲珑，不仅习得一身武功，还娶回七位美艳娇妻，在乱世之中书写着一个小人物的传奇…… 本片根据武侠小说家金庸的同名原著改编。
冯锡范污蔑陈近南背叛郑王并下手暗算，韦小宝见师父陈近南不敌，暗中撒出石灰粉吓退锡范，将郑克塽关在棺材之中，天地会人劝总舵主陈近南及早脱离郑家及两公子之斗争。陈近南不服，要去台湾和郑王说个理，打开棺材时却发现郑克塽不见了，天地会关安基死在棺材之中。韦小宝取出六本经书，将内藏的羊皮全部取出保存，又将经书皮缝好，把空经书交给陆高轩送往神龙岛交差。 建宁因被赐婚嫁与吴应熊而大吵大闹，康熙派小宝做随行赐婚使，实则要他找回三桂的四十二章经。其后，康亲王因经书被偷，来求韦小宝帮忙仿制经书，好向康熙交差，小宝便做了个顺水人情。事成后送小宝一座子爵府作谢礼，小宝大喜。 九难和阿珂决随小宝前往云南，护送途中，韦小宝被建宁用药迷倒，醒后发觉赤身被公主困绑及施以酷刑，九难为救小宝掷阿珂入房，阿珂掩面救小宝后离去。小宝松绑后还击，建宁施媚功求饶，小宝终受不住引诱与建宁一夕风流。