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清朝初年，天下始乱未定。扬州青楼女子之子韦小宝（黄晓明 饰）机敏狡黠，不学无术。他偶然救助江洋大盗茅十八，遂得以上京，更混入宫中成为老太监海大富身边的一名用来打探消息的“小太监”。宫中暗潮汹涌，斗争不断。小宝巧妙与各方势力周旋，凭借纯真与仗义取得康熙的信任，进而拿下居功自傲的元老大臣鳌拜（徐锦江 饰）从此成为康熙身边的红人。但鳌拜只是众多野心家中的一位，西南有吴三桂蠢蠢欲动、台湾有前朝的郑家势力寻找时机、北有俄罗斯罗刹国扩张疆土、辽东有神龙教兴风作浪。此外，小宝的师傅天地会总舵主陈近南（祝延平 饰）高举反清复明大旗，誓取康熙项上人头。小宝游刃有余、八面玲珑，不仅习得一身武功，还娶回七位美艳娇妻，在乱世之中书写着一个小人物的传奇…… 本片根据武侠小说家金庸的同名原著改编。
韦小宝吓唬夏国相，遂使计谋将剑屏带走。沐剑屏将忆述离开神龙岛后，再遇剑声、大洪等人，正商量对付吴三桂之计时，却被三桂手下擒获。至此，小宝知已中了吴三桂的圈套。 这时，小宝又接到一道姑送来救阿珂的字条，韦小宝跟道姑前往，韦小宝在三圣庵的书架上意外发现四十二章经，乘机偷走。原来接见韦小宝的正是陈圆圆。陈圆圆道出自己的过去及阿珂的身世，韦小宝庆幸阿珂乃吴三桂女儿，应可保命，陈圆圆要阿珂认吴三桂为父亲，却遭到阿珂亲生父亲李自成的拒绝，这时的吴三桂已经布下重兵围捕三圣庵中的韦小宝等人，李自成和吴三桂展开一场生死决斗，九难出现解围。