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清朝初年，天下始乱未定。扬州青楼女子之子韦小宝（黄晓明 饰）机敏狡黠，不学无术。他偶然救助江洋大盗茅十八，遂得以上京，更混入宫中成为老太监海大富身边的一名用来打探消息的“小太监”。宫中暗潮汹涌，斗争不断。小宝巧妙与各方势力周旋，凭借纯真与仗义取得康熙的信任，进而拿下居功自傲的元老大臣鳌拜（徐锦江 饰）从此成为康熙身边的红人。但鳌拜只是众多野心家中的一位，西南有吴三桂蠢蠢欲动、台湾有前朝的郑家势力寻找时机、北有俄罗斯罗刹国扩张疆土、辽东有神龙教兴风作浪。此外，小宝的师傅天地会总舵主陈近南（祝延平 饰）高举反清复明大旗，誓取康熙项上人头。小宝游刃有余、八面玲珑，不仅习得一身武功，还娶回七位美艳娇妻，在乱世之中书写着一个小人物的传奇…… 本片根据武侠小说家金庸的同名原著改编。
韦小宝和胡逸之结为兄弟。胡逸之向韦小宝要阿珂，只因为了陈圆圆一病不起，要把阿珂带回云南。韦小宝对郑克塽一顿毒打出了气才放他走，和吴六奇在大江风浪之中唱起来了沉江。 韦小宝回京将云南吴三桂所作所为向康熙一一汇报，又把从云南押来的蒙古特使汗帖摩交给皇上，这一切也早在康熙掌握之中了。 双儿成功帮韦小宝把八部四十二章经中的羊皮藏宝地图砌成，藏宝地点就在关外的鹿鼎山。双儿将满文分别印出，找笔帖式把满文译成汉字，韦小宝将这些秘密藏在心中，烧掉这些羊皮，以绝后患，害了康熙。 康熙借助外国人的科技，成功制造出大炮，并下令小宝歼灭神龙教。小宝知人善用，向康熙征用索额图向他推荐的施琅一起去攻打神龙岛。这一切都被跟随他的胖头陀和陆高轩发现，二人赶赴神龙岛汇报。