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明朝嘉靖年间，嘉靖帝昏庸无能，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，整个朝野被牢牢掌控在严党党魁严嵩之子严世蕃的手中，明朝危在旦夕。少林寺观海方丈隐居达摩洞后，少林僧众既心忧国难，又对前程一片迷茫。少林新收的俗家弟子程闻道、高伯熊、海大力与严氏父子有灭门之仇，因天分极高，被分别安排到达摩堂，药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。为了达到控制少林为己所用的目的，严世藩借平倭之名调走了少林武僧团，又勾结少林叛徒疯头陀霸占少林，把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下，带领少林僧众与疯头陀和严党周旋，最后铲除了疯头陀，并协助朝中的正义之士扳倒了严氏父子。
少林三杰和官兵们打起来，那些官兵根本不是他们的对手，韩副官见状拔刀出手，方丈也出手将韩副官打退。气愤的副官命所有官兵们出手，而此时正因带着众多少林弟子，与那些官兵们打斗起来。之后明德来了，上前让副官带兵撤退。明德跟方丈说闻道答应救他的，让方丈劝闻道出无常院。
败火下山去了梅艳楼找梅姑，和她说闻道要死了。败火忽然跪在梅姑身前，说起二十年前的事，当年是程肃主动找他，要求抚养闻道。之后程肃对闻道视如己出，也算是赎罪了。事已至此，希望梅姑放下过往，去救闻道。
明德让蓁蓁去找闻道，劝他出来为自己治病。蓁蓁来了无常院，闻道跟她说，当初他在明德的药里放了毒药，可是被败火换了。蓁蓁向闻道道歉，并说如果闻道真的死了，她也会一起去死。明德得知闻道还是不愿出来救他，气急败坏的指控少林窝藏叛贼，让官兵搜查少林，如有违者，格杀勿论。官兵将所有和尚抓到禅院，此刻方丈却来到达摩洞前求见观海大师。言明少林已经到了生死存亡的地步，希望大师能出面帮他。
韩副官在少林僧人面前宣布，责查少林窝藏叛贼一案，如果此罪成立，少林将不复存在。除非闻道出无常院为明德治病。为逼闻道，韩副官甚至每小时杀一个和尚以此示众。一个小时后，官兵抓了和尚通心要杀了他，此时正因出来，要求替通心去死，可韩副官表明，正因是达摩院首座，最后才会杀他。无奈下正因诵起经来，僧人们于是跟着一起打坐念起经来。
败火将梅姑带来见明德，想让梅姑劝他放过少林。梅姑来到无常院，发现闻道已经虚弱的晕倒了，赶紧将他扶起来。败火跟明德坦白，闻道是他和梅姑的儿子，明德大惊，坚信败火是在骗他。败火告诉他当年梅姑逃来洛阳，不想生下明德的孩子，所以服了很多凉药，导致闻道从小寒毒附体。接受了真相的明德只觉得可笑，自己的儿子为了程肃那个伪君子竟然要杀了自己。
无常院内，梅姑将虚弱的闻道抱在怀里，跟他说出了明德和自己是他亲生父母的事实，可闻道不相信，于是梅姑告诉他，以前是程肃先出卖明德的。当年明德陷于敌阵，高寿昔劝程肃出兵去救明德，程肃却坚持撤兵，抛弃了明德。听后闻道却表明，就算事实是这样，他一样要杀明德。