共42集
明朝嘉靖年间，嘉靖帝昏庸无能，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，整个朝野被牢牢掌控在严党党魁严嵩之子严世蕃的手中，明朝危在旦夕。少林寺观海方丈隐居达摩洞后，少林僧众既心忧国难，又对前程一片迷茫。少林新收的俗家弟子程闻道、高伯熊、海大力与严氏父子有灭门之仇，因天分极高，被分别安排到达摩堂，药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。为了达到控制少林为己所用的目的，严世藩借平倭之名调走了少林武僧团，又勾结少林叛徒疯头陀霸占少林，把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下，带领少林僧众与疯头陀和严党周旋，最后铲除了疯头陀，并协助朝中的正义之士扳倒了严氏父子。
方丈宣布将药局首座传给闻道，闻道却拒绝了，毕竟他修行尚浅。这时通山上前，称闻道为首座，并感谢他救了自己的家人，然后少林其他和尚异口同声称闻道为首座。可闻道觉得自己还是无脸面做药局首座，毕竟他心里的善，是梅姑用命换的。败火劝他，让他做药局首座，就是希望他诚心礼佛，不要陷入纷争。闻道最后听了败火的劝诫，接任药局首座。
蓁蓁得知闻道做了药局首座，并不再离开少林，失望的拿出竹蜻蜓折断了，责怪他救活了明德，自己却要入一辈子的青楼。病好的明德离开少林，败火前来送行，劝诫明德以后少做恶事，明德却说，儿子都没了，自己哪里还顾得上天下苍生。
蓁蓁回到梅艳楼，没有梅姑的梅艳楼十分冷清。之前被十八行者打的还剩一口气的笑笑哥，伤好后又来了梅艳楼闹事，这时蓁蓁出现，说自己要代替梅姑照料梅艳楼，并让人拿来一罐酒，如同当年梅姑那样，喝下整罐酒为笑笑哥赔罪。之后蓁蓁拿起空酒罐狠砸向笑笑哥的脸，威胁他如果再闹事，就让他死。
冈田拿出从明军那里劫来的财宝，按规矩这些财宝六成给明德，剩下的冈田自己留着。剑雄却提出这里没有明德，所以六成给剑雄和梁五平分。梁五不同意，可经过剑雄的劝说，梁五也收下了这笔财宝。
闻道正式成为药局的首座，败火嘱咐他一定要做好首座。
时光飞逝，杨秀上京赶考，顺利考上，闻道也在正因师伯们的教导下，功夫日益精尽，剑雄的事业也飞黄腾达起来，而蓁蓁接下梅艳楼老鸨的身份，将梅艳楼打理的有声有色。三年后，蓁蓁来拜祭梅姑时，闻道也在那里为梅姑诵经。蓁蓁在梅姑墓前说着梅艳楼的近况，自始至终，两人没有说一句话。
今年洛阳大旱，剑雄不仅不开仓放粮，还抓了上书的书生，此事甚至闹到了朝廷。少林药局帮忙照顾灾民时，闻道收到一封信，是杨秀写来的，信里写明他将和徐阶一起来洛阳彻查此地官员贪污舞弊之事。严大人对此事甚为愤怒，让明德跟着徐阶一起去洛阳查此事。
剑雄将冈田约来梅艳楼，两人谈起了硝石（火药）的生意。此时的剑雄已今时不同往日了，他的眼里只有利益，甚至都不把明德当回事。这时蓁蓁进来，要求这次的买卖她要三成，因为硝石运往宁波，需要通关文牒，而通关的文牒她有。