共42集
明朝嘉靖年间，嘉靖帝昏庸无能，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，整个朝野被牢牢掌控在严党党魁严嵩之子严世蕃的手中，明朝危在旦夕。少林寺观海方丈隐居达摩洞后，少林僧众既心忧国难，又对前程一片迷茫。少林新收的俗家弟子程闻道、高伯熊、海大力与严氏父子有灭门之仇，因天分极高，被分别安排到达摩堂，药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。为了达到控制少林为己所用的目的，严世藩借平倭之名调走了少林武僧团，又勾结少林叛徒疯头陀霸占少林，把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下，带领少林僧众与疯头陀和严党周旋，最后铲除了疯头陀，并协助朝中的正义之士扳倒了严氏父子。
第二日，少林弟子给死去的通心诵经送行，而明德亲自过来为通心点火焚烧。明德告诉闻道，今天为通心点火纯粹是为了闻道。闻道表示，他只为明德治病，不想和明德有其余任何的纠葛。
方丈来找败火，告诉他自己进了达摩洞，却并未见到观海大师。败火却对此很是欣慰，说方丈硬闯达摩洞，终于有点方丈的样子了。败火来找闻道，问他打算怎么治明德，闻道将治疗药方递给败火，败火觉得药方实在惊险。于是告诫闻道，一定要小心行事。
闻道给明德的药熬好，好奇的通林过来查看，并伸手沾了一下药汁。闻道看见了，紧张的帮通林用水冲手，告诉他们这药里有剧毒，让他们把余下的药渣拿去后山埋了。闻道将药端给明德，明德让他拿出药方来看，发现药方上的药都是剧毒。闻道说他就是要以毒攻毒，再用自己的洗髓经慢慢替明德调养。可是万一失手，明德会死。考虑过后的明德，愿意试试。明德喝下药，忽然腹痛吐血，闻道赶紧上前用洗髓经替他点穴治疗。这时蓁蓁忽然摔碎花瓶，拿着花瓶碎片冲过来要杀明德，闻道拦住她，抢下她手中的碎片，不让她杀明德。
剑雄他们来到宁波的水域附近，倭寇的营地。倭寇打探到今日会有新将领徐志来此管理水域，而剑雄以前做过徐志的教头，以他对徐志的了解，徐志今晚就会攻营。败火约来方丈，两人谈起明德病情，方丈信任闻道，觉得闻道会将明德的病治好。之后败火提议将少林药局首座之位传于闻道，以此将闻道留在少林。
剑雄带着倭寇埋伏在营帐外的丛林间，等待徐志夜袭营帐。可是天快亮了，明军还没有出现。江龙怀疑剑雄这一部署时，明军出现了，往营帐出袭去。剑雄带领倭寇射箭点燃营帐中的火雷，炸死了大部分明军，之后倭寇现身，将剩下的明军一网打尽。
闻道用洗髓经为明德治疗着，明德病情逐渐好转，于是赞叹洗髓经厉害。明德问闻道这么做想要什么，闻道只说让他离开少林，永远别再回来。方丈将闻道召来大殿，并且此时所有少林弟子都被集结在大殿。方丈告诉闻道，他治好明德的病，是救了少林。之后方丈宣布，任命闻道为少林药局首座，并表示这也是败火的意思。