共40集
爱新觉罗·玄烨，顺治的第三子，因得不到父母之爱，养成反叛性格，不喜欢束缚，率性而行！顺治死。留下半张遗诏，立康亲王杰书为帝，然在太皇太后孝庄的推动下，经过一场波谲云诡的政治斗争，终把玄烨捧到帝位上，改元康熙，亦埋下了日后多场夺宫争位之危机。顺治一生，致力于满汉一体，然这触动了满臣之利益。四畏臣遂于幼冲康熙还未亲政之时，牵起了文字狱(明史案)及时压汉臣精神领袖汤若望之天算案。康熙因与明史案主犯之一的陆健及天算案的汤若望有交情，遂与辅臣们对抗。异是时辅臣柄国，致康熙败了。但在连连的斗争中，康熙也渐渐成长了。及后首辅索尼死，鳌拜借圈地(换地)一事，成功打倒次辅苏克萨哈，至此，鳌拜已权倾朝野，与康熙正面对抗了！康熙发挥了他的政治智慧，经过一轮逼宫，反扑等，终擒下鳌拜！终于，朝中大权，已尽在康熙手里了！三藩，乃清初协助平靖南方的降清明将，封王后割地拥兵自重，成了朝廷的隐忧。康熙有自信了，在错误估度三藩势力之下，下旨撤藩，终引致三藩起乱，差点便失掉江山，更造就了杰书逼宫之机。幸在最后关头，康熙终醒悟过来了，不单及时解决了后宫危机，更平定了三藩。至此，天下大治，大姓得享百年盛世，玄烨亦被尊为英主康熙！
李令哲的出现令汉臣措手不及，汉臣们个个黔驴技穷，只得怨天尤人。迫于形势汉臣们不得不一起倒戈，请求严办明史一案，并同时称病避朝，也为求能够明哲保身，玄烨为此怨声载道，失落至极。孝庄到狱中探望陆健，说服其以身殉国，成全帝皇的稳定统治，也能就此了结明史一案，以平息天下之乱与朝中的满汉之争。陆健深明其中之意，为成全大局毅然喝下毒酒。此时皇太后病危，玄烨却在狱中陪伴老师陆健，迟来的玄烨没能阻止陆健赴死，陆健临死之前交出认罪书，并嘱咐玄烨，望其能在将来为明史一案平反。悲痛之中的玄烨赶到寿康宫见皇太后最后一面，痛上加痛的他更是伤心欲绝，心疼三哥哥的冰月也情不自己安慰着玄烨。随着皇太后的薨逝，孝庄下令天下大赦，历时两年的明史一案就此落幕。