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十七世纪的中国，正值明清交替，改朝换代的大动荡时期，明朝末年，天启皇帝病危待亡，却无子嗣即位，唯一的骨肉便是皇弟朱由检。 魏忠贤阴谋用宫女的婴儿冒充太子承继皇位，以保住阉党的荣华富贵。不料，那宫女却生下一个女婴。这时，已被驱逐出京的朱由检突被锦衣卫捕回宫中，他以为自己将被殉葬，万没想到竟在龙榻前即位成为崇祯皇帝。而那宫女带着初生的女婴侥幸逃至扬州，给孩子起名陈圆圆。 崇祯帝险中即位，立意中兴大明。然而动乱之年，阉党乱政，民不聊生；殿堂之上，勾心斗角，争权夺利；江湖之间，内忧外患，狼烟四起……关外，皇太极厉兵秣马，虎视眈眈，挥鞭直指紫禁城，关内，李自成雄才大略，几度沉浮，一心构建自己的帝王基业……风雨飘摇，儿女情长，江山巍峨，谁主沉浮。
皇上决心用重兵前去镇压乱军，而吴三桂却极力阻止镇压，说只要皇上给他１０万两银子做官兵的军饷，他就能帮皇上平定乱军。皇上最终只给了吴三桂５万两银子，但同时也派了御林军，准备恩威并重，平定乱军。辽东已无主帅，吴三桂、王公公力荐忠勇善战的兵部废员袁崇焕，皇上采纳。皇后娘娘将“废宫”眠月阁赏给了新进宫的陈圆圆。王公公把“废宫”里的“密事”讲给圆圆听，圆圆从中得知这眠月阁便是母亲生她的地方，并知道皇室一直要追杀她们母女。吴三桂劝说造反官兵只要缴械投降，保证免罪。御林军的宋军台却说皇上有密旨，要全部杀掉叛军。