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故事发生在清乾隆（张铁林 饰）时期。江湖郎中洪立（张国立 饰）因长相与乾隆十分相象，成了皇帝的替身，又因他治好了太后（严敏求 饰）多年的心口疼，太后与乾隆对他十分赏识，并让他假扮皇帝南巡私访。由于陪其私访的和珅（王刚 饰）处处打击忠臣、疯狂敛财，洪立便以皇帝的名义与其对着干。突然冒出的乾隆十大罪状传单令乾隆大怒，他下令彻查，后因意外结识印刷此传单的工匠李步韬，二人反而结成了知已。洪立因无意间发现和珅养女蜻蜓（贾静雯 饰）身世之谜，从此与和珅结下梁子。乾隆为查清地方税案，主动卧底在戏班内，历经几番斗智斗勇，终使真相大白。真假皇帝你方唱罢我登场连破奇案......
洪立和莲花为了灾区的疫情和躲避和珅决定离开扬州前往灾区治病救人，由于病人太多，洪立和莲花的药都用完了，莲花姑娘也由于过度劳累病倒了，为了能够有更多的药救济灾民，洪立和莲花准备回到扬州参加朝廷举办的医方擂台。擂台如期举行，对垒双方分别是太医院和洪立，裁判是莲花姑娘。洪立的药方因为结合了受灾病人众多的实际情况而胜过了华而不实药材成本过高的太医院一方，夺得了擂台的冠军，在暗中观战的皇上也觉得洪立应当胜出。大梅看到莲花通情达理，在心里也慢慢接受了莲花姑娘。莲花见洪立人品医德都不错，决定收洪立为黑扇神医门下之徒，而黑扇神医的门归要求加入医门的外姓人必须娶莲花姑娘为妻，洪立应允了下来。和珅告诉大梅洪立要娶莲花姑娘，本以为大梅能大闹一场，没想到大梅并不生气。