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明朝中叶,老皇帝昏迷不醒,立储之事悬而未决,皇子和齐王觊觎皇位,明争暗斗,此时京城惊现连环杀人案,责成京师六扇门办理案件,六扇门统带申梓木本想和稀泥,却不想儿子申力行意外卷入案件当中,申梓木被迫带着申力行共同破案。申力行天赋异禀,很快破案,却也揭开了宫廷斗争的序幕。随着申力行调查的深入,案件牵扯越来越大,终于翻出了十多年前皇后犯下的一桩罪行,真相会影响皇位传承,也因为案件,申梓木被人暗害,申力行痛不欲生,却这时,皇帝病愈,齐王抓住机会将申力行破案的结果密奏皇上,龙颜大怒,皇子被软禁,齐王眼看即位,申力行突然发现杀死父亲的凶手是齐王的手下苏溢清,而这一切的缘起都是齐王所为,申力行为父报仇,将真相公之于众,逼得齐王走投无路起兵造反,在申力行的帮助下皇子平叛,最终顺利即位。
申力行有条不紊地为大家分配任务,指挥探案。看到申梓木以及六扇门众人如此反常地配合自己,申力行自己也觉着很奇怪。
申力行发现不对后,连忙返回六扇门杀个回马枪。看见六扇门众人果真是对自己表面服从无比,暗自偷懒怠工,顿时怒从心中来恶向胆边生,就要冲上前理论,被言亦冬拦下给拽走了。
在目睹了自己父亲仍然是不愿意帮助自己查案后,申力行找到齐王,要求齐王帮忙让自己的的父亲“休息休息”。申力行知道父亲之所以屡屡阻挠自己办案,是因为要保护六扇门弟兄的安全,也是为了自己的平安。但他正义在心,只要能将案子查得水落石出,自是万死不辞。齐王听此,表面慎重犹豫,实则内心里窃喜无比。
听吏部于大人说了自己“被休假”一个月,而且在此期间案件由申力行协助办理,申梓木气得不打一处来,就要跑回去揍申力行。在于大人的好说歹说好劝歹劝下,申梓木只得颓然接受现实。申梓木回到六扇门,看见申力行正在对着六扇门众人训话,听着儿子掷地有声的讲话以及满怀的激情,此时的申梓木内心也是五味陈杂,感触良多。
六扇门众人不相信申力行真的能撇下脸来惩罚大家,可没想到申力行说到做到,就要廷杖刘东二十板子。目睹刘东被打,六扇门众人群情激奋,夺下板子一走了之,申力行真的成了光杆司令。
申梓木终究还是在帮助申力行查案。他找到了一个人脉甚广的老朋友,那个人看了看手上的钢针,问申梓木,能使用这种暗器的人功夫恐怕不一般,确定要惹这个麻烦?申梓木表示自己要是不查,自己的儿子就要查了。为了保护儿子,申力行只好自己上阵。在与老友的交谈中,申梓木袒露心声,说自己过去常常阻挠儿子,但是人终究是会长大的。既然申力行心怀正义,以除暴安良为己任,那么自己这个爹便不能再为儿子拖后腿了。
六扇门众人丝毫不卖申力行面子,连集合也不去。申力行一个人对着空空如也的空地,自顾自地点名,言亦冬不忍再看,离开了。申梓木找到六扇门众人,向大伙儿坦露了心绪,告诉大家脸是自己挣的,不是别人给的,自己想通了支持申力行的工作,希望大家也能支持申力行,重振六扇门门风。而此时,齐王也在教导申力行应当与众兄弟搞好关系,像申梓木一样统领有方,才能更好地领导六扇门破案。
申梓木找到申力行,提醒申力行要小心为上,保护好自己和六扇门弟兄。申力行听后自然动容,答应了申梓木。之后谈及与龚芮溪的婚事,谈话又陷入了僵局。
六扇门的众捕快们开始认真办案,配合申力行工作,服从申力行的指挥。这个办案机构此时高效运转,成果惊人。
所有的线索和证据都指向锦衣卫。申梓木判断,凶手是锦衣卫指挥使刘进。申力行找到齐王帮忙,并且告诉齐王,刘进近段时间和教坊司的花魁月秀关系密切,可以趁刘进花前月下之时猝不及防而抓捕之。齐王自然是同意,恳请赵无极派东厂高手帮助抓捕刘进。
龚芮溪难忍委屈,再次赶赴京城寻找申力行逼婚。
在得知刘进每月初三初九会来教坊后,申力行和苏溢清制定策略准备抓捕刘进归案。