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明朝中叶,老皇帝昏迷不醒,立储之事悬而未决,皇子和齐王觊觎皇位,明争暗斗,此时京城惊现连环杀人案,责成京师六扇门办理案件,六扇门统带申梓木本想和稀泥,却不想儿子申力行意外卷入案件当中,申梓木被迫带着申力行共同破案。申力行天赋异禀,很快破案,却也揭开了宫廷斗争的序幕。随着申力行调查的深入,案件牵扯越来越大,终于翻出了十多年前皇后犯下的一桩罪行,真相会影响皇位传承,也因为案件,申梓木被人暗害,申力行痛不欲生,却这时,皇帝病愈,齐王抓住机会将申力行破案的结果密奏皇上,龙颜大怒,皇子被软禁,齐王眼看即位,申力行突然发现杀死父亲的凶手是齐王的手下苏溢清,而这一切的缘起都是齐王所为,申力行为父报仇,将真相公之于众,逼得齐王走投无路起兵造反,在申力行的帮助下皇子平叛,最终顺利即位。
沦为囚徒的申力行听着刘吉的威逼利诱,丝毫不为所动。申力行凛然地拒绝了刘吉的策反与拉拢。
齐王请来的朱太医为江陵诊疗,太医说区区箭伤还不足以致命,可是歹毒的是箭头涂抹有剧毒,毒素散布全身,自己作为太医也回天乏术。江陵也得知自己命不久矣,临终之前将二十年前的皇宫秘辛告诉齐王等人。原来,当初在皇后的胁迫下,心怀善意的江陵并没有杀掉万贵妃的皇子,取而代之的是将皇子偷偷抱出皇宫,交给了当年一个名为张永的禁军,然后自己拿一具死胎顶包交差。最后,江陵要求用自己换回申力行。
经历了几番波折,换人交易艰难地成功了。申力行刚刚被就走,支撑不住的江陵立时吐血而亡。回到齐王府的申力行得知了江陵为了报答自己的救命之恩,甘愿去换回自己,感动不已。知道了秘辛的申力行决意延续江陵的遗志,找回流落在外的皇子。
丈夫暴毙,焦溪自然已经万念俱灰。身着素衣吩咐申力行把她和丈夫合葬。之后,焦溪找了理由支开申力行和苏溢清,自缢而死。这对苦难而恩爱的夫妻最终如愿被葬在了一起。
赵无极看到对自己有知遇之恩提携之情的师傅江陵和师母死去,他恨怒交加,誓要找刘吉报仇。
申力行查找禁军张永的消息无果,找到李威寻求帮助。李威告诉申力行,他的父亲申梓木就是张永!他并非申梓木亲生儿子,且为了保护他这位换出皇宫的皇子,申梓木终身未娶。真相突然揭开,如五雷轰顶,申力行一时有些难以接受。申力行到现在才明白申梓木一直不让他卷入这场纷争的苦衷,可是斯人已逝,事端已生,悔而不及。
同一时间,苏溢清也从东厂打听到了,当初的禁军张永改名换姓以后,到了六扇门做了捕快。她赶紧把这一重要消息告诉申力行,申力行撒谎说六扇门没有这个人。其实,申力行自己是最难接受这一现实的人。心虚不宁的他对苏溢清说,假如自己身上藏有不能理解的秘密,希望苏溢清能够一如既往地对待他。他不愿让自己隐藏的身份葬送了自己的感情。
皇帝向赵无极询问刘吉与齐王最近的动静。这个皇帝看似病怏怏的,其实城府极深,其实他又何尝不知道刘吉与齐王二人的明争暗斗呢?赵无极未察觉出异常,不自知地说出的话明显偏袒齐王贬低刘吉。然而这次,他不知道皇帝已经对齐王生出了很大的猜忌。他并不是如很多人猜测的那样,召齐王入宫是有立储之意。
皇帝驾临坤宁宫,告诉皇后只有抓紧时间让皇子好好读书,将来才能担当重任。言语之中,托付皇位之意已经昭然。