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明朝中叶,老皇帝昏迷不醒,立储之事悬而未决,皇子和齐王觊觎皇位,明争暗斗,此时京城惊现连环杀人案,责成京师六扇门办理案件,六扇门统带申梓木本想和稀泥,却不想儿子申力行意外卷入案件当中,申梓木被迫带着申力行共同破案。申力行天赋异禀,很快破案,却也揭开了宫廷斗争的序幕。随着申力行调查的深入,案件牵扯越来越大,终于翻出了十多年前皇后犯下的一桩罪行,真相会影响皇位传承,也因为案件,申梓木被人暗害,申力行痛不欲生,却这时,皇帝病愈,齐王抓住机会将申力行破案的结果密奏皇上,龙颜大怒,皇子被软禁,齐王眼看即位,申力行突然发现杀死父亲的凶手是齐王的手下苏溢清,而这一切的缘起都是齐王所为,申力行为父报仇,将真相公之于众,逼得齐王走投无路起兵造反,在申力行的帮助下皇子平叛,最终顺利即位。
苏溢清的魂不守舍似有心事引起了齐王的疑虑。得知杀害申梓木的凶手竟是苏溢清的师傅单青后,齐王想找到单青,稳定住局面。
此时的申力行陷入了无尽的悲痛中难以自拔,悔恨交加的他发誓一定要找到杀父凶手。在整理申梓木的遗体时,申力行发现了申梓木的手中紧紧攥着一枚扁圆的物件不放,顿生疑惑。
皇帝发现松太医许久未来问安号脉,就询问了他的动向。结果一问吓了一跳,在自己毫不知情的情况下,京城居然连死三名官员。一国京都,天子近旁,却有人如此猖狂,至今还逍遥法外。皇帝于是召见刘吉问话,狠狠训斥了刘吉一顿。
杀了人后的单青潜藏在东市。她秘密地让人知会苏溢清,去自己藏身之所同自己会面。单青向苏溢清道明原委,原来过去的她是为了保护齐王,才诈死的。现在已是不能再去面见齐王。
得到口信的苏溢清告诉齐王,师傅单青是为了不牵连齐王,才不愿回到王府居住,望齐王体谅。
言亦冬查探出申梓木死的当晚,有一个名叫武大友的屠户旁观了案发现场。于是言亦冬立刻拉着申力行找到那个屠户武大友。之后,言亦冬利用这个屠户与自己嫂子的不伦关系相要挟,逼问他当晚的详细情况。屠户武大友万般无奈之下,只好老实交代自己所见的情形,他告诉言亦冬道,杀死申梓木的是两个女人。
苏溢清在齐王的指使下,前去万花楼打听花魁曹懿恩的来历。在得知曹懿恩有个叔父后,苏溢清立即找到曹懿恩的叔父,曹明。从而知晓了原来曹懿恩就是死去的皇子师曹渊之女。
探听到线索的苏溢清回到齐王府,向齐王禀报。齐王让苏溢清立刻把这一情况告诉申力行,尽快分散申力行的注意力。苏溢清与申力行前往刑部大牢试探曹懿恩,狡黠的曹懿恩装疯卖傻,完全以一个对松太医心怀极大仇恨的人的姿态展现在申力行和苏溢清面前。齐王在得知情况后表示怀疑,让申力行折回刑部,杀个回马枪。果不其然,曹懿恩是在假装,彼时的牢房里已经空无一人,而曹懿恩已经被徐蔚带走了。