共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
双儿把自己在康亲王府门口捡到的麒麟玉佩还给了韦小宝，小宝见双儿对自己如此上心心里十分高兴。
杨总兵怀疑吴应熊应该还在皇宫里，他夜闯皇宫天牢被多隆抓住。杨总兵说自己要面见皇上，韦小宝答应了他，但他让杨总兵见了皇上一定要冷静。
康熙说吴应熊不是自己下令杀的，让杨总兵相信自己。可是杨溢之怎么也不相信。他说平西王对朝廷忠心耿耿绝无反叛之意，让康熙放了吴应熊。康熙见杨溢之不相信自己心中大怒要杀了杨溢之。小宝向康熙求情这才保住了杨溢之的性命。
吴应熊失踪之事韦小宝毫无头绪，正在他苦恼之时双儿跑来找他，双儿告诉他有一家棺材铺没有招牌，专做江湖中人的生意。她刚才已经去探查过，发现棺材铺里有一个刻着沐王府老公爷的灵牌。得此消息韦小宝喜出望外，双儿请求他一定不要伤害沐王府的人。
沐王府用吴应熊活祭老公爷的地点和时间小宝都知道了，但是由于自己的身份特殊，韦小宝一时不知道让谁去救吴应熊，他猛地想起了杨溢之。韦小宝来到天牢，他告诉杨溢之是沐王府的人要拿吴应熊活祭老公爷。韦小宝说自己跟沐王府有交情，他不能出面做这件事，他要把这个立功的机会交给杨总兵，顺便跟杨总兵交个朋友。小宝叮嘱杨溢之不要伤害沐王府的人，他顺利的把杨溢之带出了皇宫。
沐剑声正要砍下吴应熊的脑袋，杨溢之和巴朗星闯了进来，他们掷下烟幕弹把吴应熊救走了。康熙责问韦小宝为什么要私自放走杨溢之，韦小宝说自己放走杨溢之是要他去救吴应熊，由于时间紧迫他来不及向皇上禀报请皇上赐罪。康熙说小宝虽然私自放走囚犯，却避免了一场战争，功大于过，自己要好好打赏韦小宝。
皇太后因韦小宝屡建奇功自己不方便出面杀他，她请师姐柳燕来到皇宫除掉韦小宝。韦小宝见皇太后又派人来找自己，他跑到上书房找皇上说上次为了放出刺客，他杀了皇太后派去的三个公公，让皇太后背了黑锅。康熙让小宝不要害怕，自己会去和太后解释清楚。
皇太后听了康熙的解释，说小宝机灵过人她想把小宝留在慈宁宫里伺候自己，康熙不敢违拗太后只好答应了。韦小宝为了脱身，说自己还有两本四十二章经放在尚膳监，太后让柳燕带着韦小宝去拿经书。
回到韦小宝的房间柳燕逼迫韦小宝拿出经书，两人打了起来，趁柳燕不注意方怡和屏儿从被子里跳起用剑刺死了柳燕，韦小宝用化尸粉化掉了柳燕的尸体。韦小宝觉得皇宫他是待不下去了，决定带着屏儿和方怡离开皇宫。他让屏儿和方怡扮成太监暂时躲在布库房，等天亮之后寻找机会逃出皇宫。