共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
为躲避清兵的追杀大家分散逃跑，韦小宝带着曾柔、屏儿和建宁公主躲进一个农舍里。张勇带着清兵前来搜查，他放过了四人，还给韦小宝留了一大沓银票。
四人继续跑路却遇到了神龙教洪教主。他们被带到了神龙岛，神龙岛被小宝的大炮已经轰为一片废墟，洪教主决定重振神龙教。可他的手下只剩赤龙使、青龙使、瘦头陀、胖头陀和陆高轩五人了，五人说洪教主不相信他们让他们吃易筋豹胎丸，结果让他们很痛苦，他们向洪教主索要解药。洪教主无奈给了他们每人一黄一白两粒解药，陆高轩却不肯吃掉白色的解药，他说这白色的解药是毒性很强的百涎丸，是夫人让他找药时他发现的。
洪教主问夫人生病为什么不找自己拿药，夫人这时呕吐起来。建宁多嘴说洪夫人一定是怀孕了，洪教主大怒他以为夫人的奸夫是陆高轩，一掌拍死了陆高轩。其他四人看到洪教主对手下无情无义便一起发力，和洪教主动起手来。韦小宝趁乱赶紧拉着几个老婆向海边跑去，洪夫人也跟着来了，她告诉韦小宝自己肚子里的孩子是小宝的。洪教主追来洪夫人和小宝合力杀死了洪教主。
韦小宝带着几个老婆来到通吃岛，这时海上传来隆隆的炮声。从一艘小船上下来了一拨人，他们是陈近南、双儿、风际中父子、郑克爽和冯锡范等人。施琅带着清兵追赶郑克爽来到通吃岛，大家和清兵打了起来。
陈近南用剑拿住了施琅劝施琅回归郑王爷麾下，施琅说郑王爷杀死了自己一家妻儿老小他不可能再回台湾。郑克爽听了大怒他举剑要杀死施琅，陈近南为救施琅用手抓住了郑克爽的剑，郑克爽一剑刺进了陈近南的胸膛被天地会兄弟抓住，冯锡范又上来给陈近南补了一剑。
陈近南身受重伤浑身是血，韦小宝气愤地掏出火枪打伤了冯锡范。陈近南临终嘱咐韦小宝不要杀死郑克爽，他说延平王对自己有知遇之恩，他不能杀死郑家的后人。小宝虽然痛恨郑克爽却只得含泪答应。