共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
康熙说这下韦小宝知道他的秘密了，韦小宝连忙说自己无意触犯了龙体向康熙请罪。康熙却说他每天还要和韦小宝比武而且还是真打，康熙和韦小宝约定人前韦小宝叫他皇上人后韦小宝还是叫他小玄子。
康熙因为鳌拜冒犯自己心情不好，他告诉韦小宝鳌拜掌握八旗兵权，自恃功高权重在朝中目中无人，经常无视他这个皇帝，为此他很苦恼。康熙让小宝为今天的事情保守秘密。
海公公听了韦小宝和小玄子打斗的详情后，他说韦小宝是在故意让着小玄子。他抓住韦小宝问小宝是怎么知道小玄子就是皇帝的。韦小宝无奈把今天在上书房发生的事情都告诉了海公公。海公公劝告韦小宝今后皇帝再说要和他做好朋友之类的话，他千万不要附和，否则有可能性命不保。
老谋深算的海公公其实早已知道韦小宝不是真的小桂子，但是他还想利用韦小宝去为自己偷取四十二章经，所以并没有揭穿小宝。海公公要收小宝为徒教他武功，让他继续到上书房找四十二章经。
慈宁宫内皇太后雍容华贵端坐在凤椅上，一只蜜蜂从她面前飞过，只见她指甲一弹蜜蜂就死了，这位深居大内的皇太后竟然是一名武林高手。
康熙来到慈宁宫向皇太后汇报了鳌拜想杀死苏克的事情，皇太后早已知道鳌拜目中无他们母子二人，让康熙早日除掉鳌拜。皇太后问康熙和小太监比武的事情，康熙告诉皇太后小桂子学了新的武功，他把小桂子的招数展示给皇太后看，皇太后说这是少林的大擒拿手，她教康熙武当的云手来应对，原来皇太后就是康熙的师父。
康熙走后，从皇太后的内屋走出一个身材高大的宫女，皇太后却叫他师兄，原来这个宫女是男扮女装。皇太后告诉此人说海大富想利用小桂子来探查自己武功的来路，师兄说海大富眼睛瞎了，让她趁此机会除掉海大富，皇太后说不可轻举妄动。
索额图和苏克来到上书房，苏克萨哈要辞去辅政大臣一职去守候先皇陵墓。康熙不同意，苏克说自己如果辞去辅政大臣一职，朝中辅政大臣就只剩下了遏必隆和鳌拜两人，皇上可趁此撤销辅政大臣，自己亲自掌朝。明白了苏克的良苦用心康熙非常感动。康熙任命索额图为禁卫军统领守卫乾清门。
韦小宝在布衣库等了康熙一下午也没见康熙来，他跑到上书房找康熙，康熙说自己忙着批奏折，把与他的约会给忘了。两人正在切磋武艺建宁公主跑来找康熙，让康熙陪她玩儿，建宁听说康熙最近经常和一个叫小桂子的太监摔跤，她也要一起玩。康熙把韦小宝介绍给建宁，建宁发现韦小宝就是那天闯进她宫里的人。为了戏弄韦小宝建宁请求康熙让韦小宝到自己宫里帮她抓花脸猫。
来到宁寿宫无聊至极的建宁肆意捉弄韦小宝。她把韦小宝打晕了衣服脱光绑了起来，在小宝身上扎了无数根银针还要用匕首扎韦小宝，韦小宝吓得满头是汗，建宁假意要放了韦小宝却放火烧了韦小宝的辫子。这下可把韦小宝气坏了，他放倒了建宁狠狠地打了建宁无数个耳光。谁知从小被人恭维惯了的建宁却很享受被打的感觉，看到眼前建宁惬意的表情，韦小宝彻底被建宁这个疯婆子打败了。
皇太后正在宫里与她的师兄眉目传情，建宁公主却闯了进来。建宁告诉皇太后，她用母亲教她的阴风爪对付小桂子却根本没用，皇太后听了大怒，让建宁以后不要再学武功，好好学习刺绣。