共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
李自成说自己能够死在前明公主之手也算是一种荣幸，他让师太赶快动手，师太改变主意她让李自成亲自杀了吴三桂。吴三桂和李自成一场恶战，李自成最后占了上风，他将剑架在了吴三桂的脖子上。陈圆圆说自己和吴三桂做了二十多年的夫妻，吴三桂对她一直很好，她跪下请求李自成放过吴三桂。
这时夏国相带兵包围了三圣庵，韦小宝挟持了吴三桂让夏国相退兵。韦小宝为了全身而退，他要吴三桂答应自己带着吴应熊和建宁公主到京城完婚，吴三桂被迫答应。韦小宝让夏国相放了阿珂，陈圆圆和阿珂母子相见，十分激动。陈圆圆说韦小宝为救阿珂多次冒险进入平西王府，可见韦小宝对阿珂是真心的，她让阿珂嫁给韦小宝，以后不要再流浪江湖。
韦小宝带着吴应熊和建宁公主回到京城，建宁告诉康熙吴应熊欺负了她，康熙知道这一定是建宁捣的鬼，他下旨让建宁和吴应熊在京城完婚。韦小宝告诉皇上吴三桂联合西域圣教、蒙古葛尔丹王和神龙教要分四路出兵造反，康熙听后要亲自审问卢一峰。韦小宝把从吴三桂那里偷来的四十二章经交给了康熙，康熙大喜，他要把这八本四十二章经交给太后，让太后拿到太庙焚毁。
陈近南告诉韦小宝他要到台湾向延平王复命，韦小宝觉得陈近南太委屈了，他把宝藏地图交给陈近南，让陈近南用这些宝藏招兵买马，摆脱延平王的控制自立门户，不要再去台湾了。可陈近南对延平王忠心耿耿，执意要前往台湾。临走前陈近南把用自己一生心血写成的《凝血神爪》交给了小宝。
双儿读了《凝血神爪》以后说如果练这门功夫的时候练错了穴位就会走火入魔，韦小宝听了灵机一动，他决定用这本书来抓出潜伏在天地会的内鬼。他让双儿假造一本改动过的《凝血神爪》放在天地会，如果有人突然练功走火入魔，那他就一定是内鬼。韦小宝把宝藏地图交给双儿让双儿把它们拼好并妥善保管。
康熙审问了卢一峰，他确认吴三桂真的要图谋造反，韦小宝要皇上早做准备。康熙告诉小宝自己早已经准备好了千门神武将军炮来对付吴三桂。康熙痛恨假太后，他要韦小宝带兵去剿灭神龙教，把假太后那个老贱人处死。康熙封韦小宝为一等伯爵，并赐巴图鲁称号。