共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
韦小宝回到京城，他把葛尔丹王子和桑结法师给他写的契约交给康熙，说葛尔丹王子和桑结法师已经跟吴三桂翻脸，答应为清廷效力。小宝还告诉康熙自己已经和二人结拜成兄弟，康熙听了很是惊喜对韦小宝大加赞赏。
韦小宝把假太后押到慈宁宫听从皇太后发落，小宝以为这次太后会大大的赏赐他。谁知皇太后却面无表情地让他先退下去，原来皇太后已经被瘦头陀劫持。韦小宝刚一出慈宁宫，就碰到了归家三口。
归辛树逼问小宝皇上到底在哪里，正好这时皇太妃和皇太后的轿子一前一后从此路过，皇太妃的轿子里其实坐的是毛祖蓉和瘦头陀。韦小宝并不知情，情急之下他决定舍弃太妃保护皇上。他告诉归辛树前面那顶轿子里坐的就是皇上，归辛树三人向轿子里刺了几剑就逃跑了。太后说轿子里被杀死的两个人是反贼，此事不可声张，让小宝把两个人烧了。
康熙早已知道韦小宝是天地会香主。他假意和韦小宝比试摔跤，脱下韦小宝的鞋袜，撕去小宝粘在脚底写着“扫墓”二字的人皮，“反复”二字露了出来。康熙大怒说念在韦小宝对自己还有三分忠心的份上，这次就饶了韦小宝的性命，但他要韦小宝除掉天地会。
韦小宝说自己是个讲义气的人，夹在皇帝和天地会之间很为难，他会说服天地会的人不再反清复明，让他们解散就行了，请求康熙不必要了他们的性命。康熙听了冷笑说小宝还是向着天地会的人，说自己早已经知道天地会和沐王府今晚会在韦小宝的伯爵府聚会，他早已在伯爵府周围布下了十二门大炮和几百精兵，到时天地会和沐王府都将会灰飞烟灭，自己现在把这个消息告诉韦小宝已经是饶了他一次。
这时宫外传来打斗声，归家三口知道皇上还没有死又来刺杀皇上，小宝替康熙挡了归辛树一掌，归家三口最后被侍卫们乱箭射死。康熙把韦小宝软禁在皇宫内，让多隆像看犯人一样看着韦小宝。
不能把消息送出去韦小宝急得像热锅上的蚂蚁。这时机会来了，多隆带着酒菜要来和小宝一起吃饭。韦小宝趁着多隆和小太监不备杀死了二人，自己换上了太监的衣服准备逃出去。这时建宁公主却乘着轿子前来探望他，韦小宝告诉公主皇帝知道了他们两个的奸情要杀了自己，让建宁跟着自己一起逃出皇宫。这时陶姑姑看到小宝留给她的记号也来到韦小宝的房间，三个人坐进建宁公主的轿子假装奉旨出宫办事逃离了皇宫。
来到伯爵府，建宁让被陶姑姑点了穴道的侍卫头领带二十几个清兵进来，大家换上了士兵的服装逃离了伯爵府。