共50集
本剧根据金庸同名小说改编，讲述了出身卑微的韦小宝如何成长发迹并最终归隐的故事。出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。
郑克爽和冯锡范前来探望师太，郑克爽说将来推翻了清廷恢复了明朝，江山会由他们郑家来坐。他的言语惹恼了师太，
师太不允许阿珂再和郑克爽来往。师太决定不再浪费时间寻找阿琪，她决定带着韦小宝和阿珂前往京城。
冯锡范告诉郑克爽陈近南出身于延平王府，但是现在他已经是天地会的舵主，影响力比延平王大得多。郑克爽如果要继位必须要铲除陈近南。
风际中父子记恨韦小宝，他们决定揭发韦小宝天地会青木堂香主的身份，以借康熙之手除掉韦小宝。风际中把告发韦小宝的信扔进康亲王的院子里。康亲王把信里的内容告诉了康熙。
师太也让韦小宝抓紧时间找齐42章经，韦小宝想告诉师太自己已经找到五本经书，可是他想到小玄子又忍住了。回到宫中小太监告诉韦小宝有侍卫曾经到他房间拿过东西，小宝怕康熙对自己心生怀疑，第二天就跑到康熙面前编故事。他说自己被师太绑走后遇到了杨总兵，是杨总兵把自己救了出来。
康熙笑着听小宝讲完故事，突然脸色一变，让韦小宝脱下鞋子，他要看小宝的脚底是不是刻有“反清复明”四个字。小宝故意装的战战兢兢可等他把鞋子脱完康熙却乐了。原来小宝的脚底刻的是“扫墓清明”四个字。韦小宝告诉康熙慈宁宫住的太后是假的，真的太后被藏起来了。
假太后正在慈宁宫内和一个和尚快活，康熙带着小宝借到慈宁宫捉老鼠为由闯了进来，那和尚一脚踢倒康熙和小宝，自己抱着假太后逃走了。康熙赶快带人撵了出去，却还是让二人逃脱了。两人逃走之时掉落了两本42章经在床上，小宝赶紧把经书揣进怀里。
康熙未捉到假太后转回慈宁宫，韦小宝带着康熙找到装着真太后的柜子把真太后救了出来。皇太后和康熙母子相见，悲喜交加。太后说自己被假冒之事有关皇家颜面不可声张，自己留在慈宁宫休养即可，不过建宁是毛祖蓉的孽种一定要除掉。康熙念建宁和自己有多年的兄妹之情，他告诉太后自己会妥善处理建宁。
小宝来到天地会香堂的库房，他要把自己新得的两本42章经放到棺材里，突然听到外面有人说话他赶紧藏进棺材里。说话的两个人是冯锡范和郑克爽，他俩也来到库房密谋除掉陈近南。
陈近南来到库房，冯锡范赶紧躲了起来。郑克爽斥责陈近南功高盖主，冯锡范从后面刺了陈近南一剑，二人正准备杀掉陈近南，小宝抓起一把石灰从棺材里跳起洒向三人，三人都被石灰迷了眼睛，冯锡范和郑克爽逃走了，韦小宝赶紧把陈近南带到香堂清理了眼晴。陈近南想不到自己为郑家忠心耿耿、奔波劳苦却遭主子怀疑差点失了性命，天地会的兄弟都为陈近南不值。